Dengan metodenya yang pada akhirnya menemukan cogito, Descartes menyebut pikiran sebagai ide bawaaan manusia sejak lahir yang ia sebut "res cogitans". Selanjutnya ia menyadari bahwa ia bukanlah hanya pikiran, pikiran tetaplah suatu substansi dan juga ide-ide bawaan yang ada sejak manusia lahir. Selain itu ia juga menganggap bahwa kejasmaniannya jugalah ada, kejasmanian menurutnya merupakan ide bawaan manusia, Descartes menyebutnya sebagai keluasan "res extensa", dan mustahil Allah yang maha benar menipu manusia tentang kejasmaniannya. Lalu menurutnya Allah merupakan ide bawaan juga yang yang eksistensinya sungguh ada di luar kita. Dari paparan di atas kita dapat mengetahui bahwa menurut Rene Descartes substansi ada tiga; pikiran, materi (kejasmanian), dan Allah.
Temuannya yang merupakan hasil dari kesadaran diri merupakan cikal bakal munculnya filsafat kesadaran atau filsafat subjek yang mengasalkan segala sesuatu pada subjek dan problem kesadaran. Subjek atau kesadaran dipandang sebagai suatu yang kokoh dan tak tergoyahkan, filsafat yang semacam ini disebut dengan fondasionalisme yang nantinya akan memuncak pada filsafat hegel. Namun fondasionalisme nantinya pada periode kontemporer akan ditolak oleh Jurgen Habermas karena terlalu mengabaikan kenyataan bahwa dunia dapat diketahui secara intersubjektif, begitupun juga Derrida dan Rorty yang menolaknya karena fondasi yang seperti itu cenderung memasung kebebasan interpretasi.
Dualisme Descartes
Sesudah mengetahui substansi-substansi yang ada, lalu Descartes menganggap bahwa manusia terdiri dari dua substansi, yaitu jiwa dan badan dan dari sinilah Descartes dianggap penganut dualisme. Sebenarnya dualisme telah ada sejak periode Plato, dualisme adalah aliran yang menganggap bahwa segala sesuatu berasal dari dua substansi. Dualisme Descartes membedakan substansi-substansi yang ada pada manusia. Manusia menurutnya memiliki persamaan dengan hewan dalam aspek kejasmanian, jasmani menurutnya adalah suatu mesin penggerak yang bersifat otomatis dan tunduk pada hukum-hukum alam, ia menyebutnya I'homme machine otomatom.
 Namun tentunya manusia berbeda dengan hewan, manusia yang memiliki jiwa sebagai suatu substansi juga merupakan deferensiasi yang membedakan manusia dan hewan. Sehingga perilaku-perilaku manusia tentu berbeda dengan perilaku manusia. Hewan yang tidak memiliki jiwa cenderung berperilaku secara otomatis (alamiah) dan liar. Sementara manusia terkadang perilakunya dapat dipengaruhi oleh jiwa yang ia miliki, menurutnya jiwa dan badan adalah sua substansi yang memiliki hubungan. Ia menyebutnya Glandula pinealis yang merupakan suatu kelenjar sebagai penghubung jiwa dan badan manusia.
Etika Cartesian
Setelah mengetahui substansi yang ada pada manusia, menurutnya manusia yang terkadang bertindak secara alamiah badannya tidaklah bebas, manusia yang memiliki jiwa bisa bebas tatkala perilaku-perilaku badannya dipertimbangkan oleh jiwa. Manusia yang bisa mengendalikan badan dengan jiwanya menurutnya merupakan manusia yang memiliki kebebasan spiritual. Badan yang merupakan gambaran nafsu atau hasrat dimengerti sebagai keadaan pasif dari jiwa. Ada enam nafsu pokok, yaitu: cinta, kebencian, kekaguman, gairah, kesedihan, dan kegembiraan. Namun  meskipun manusia yang bisa mengendalikan hasratnya merupakan manusia yang bebas, menurutnya otonomi manusia tidak akan pernah bersifat mutlak, sehingga kebebasannya pun berdasarkan penyelenggaraan ilahi.
