Penyerahan pemerintahan kepada UNTEA itu kemudian dituangkan dalamResolusi Majelis Umum PBB No. 1752 tanggal 21 September 1962. Pelaksanaan resolusi itu efektif mulai 1 Oktober 1962, yang ditandai dengan pengibaran bendera PBB (UNTEA) berdampingan dengan bendera Belanda di Irian Barat. Tanggal 31 Desember 1962 bendera Belanda diturunkan dan sebagai gantinya dikibarkanlah bendera Indonesia berdampingan dengan bendera PBB (UNTEA).
Pemerintahan UNTEA dipimpin oleh Administrator Jose Rolz Bennet yang tidak lama kemudian digantikan oleh Dr. Djalal Abdoh. Dalam perjalannya memang pemerintahan UNTEA menghadapi rintangan, namun pada akhirnya UNTEAberhasil melaksanakan tugasnya menyerahkan kekuasaan kepada pemerintah Indonesia dengan baik sesuai dengan persetujuan New York 1962.
Baru pada tanggal 1 Mei 1963 Papua bagian barat kembali berintegrasi ke dalam NKRI, namun pengukuhannya harus melalui plebisit para penduduknya, yang kita kenal dengan PEPERA (Penentuan Pendapat Rakyat).PEPERA akhirnya berhasil digelar tahun 1969, dengan hasil akhir : rakyat Papua bagian barat memilih tetap dalam bingkai NKRI.
Peneliti Papua dari LIPI, Muridan Wijoyo yang menjelaskan bahwa Pepera itu digelar untuk menjalankan perintah dari perjanjian New York pada 1962, yang menyebutkan bahwa untuk memastikan apakah Papua bagian dari NKRI atau bukan harus dilakukan Pepera. Pepera 1969 dihadiri oleh sekitar 1025 perwakilan rakyat Papua. Pepera digelar di sejumlah kabupaten antara lain di Jayapura, Biak, dan Merauke. Berdasarkan hasil Pepera saat itu, semua perwakilan menyatakan mau bergabung dengan RI.
“Hasil Pepera 1969 ini pun kemudian diakui oleh PBB dan dikeluarkan resolusi yang menyatakan Papua sebagai bagian yang sah dari NKRI. Resolusi ini juga disetujui 80 negara anggota PBB dan hanya 20 negara yang abstain,” jelasnya. “Tidak ada negara di dunia yang menolak masuknya Papua ke Indonesia.” Tegas Muridan. http://news.viva.co.id/news/read/261252-faktor-rusuhnya-papua
Itupun belum cukup. Hasil PEPERA harus diuji terlebih dahulu oleh Majelis Umum PBB. Dan proses itupun dilaksanakan dengan baik dan demokratis. Tanggal 19 Oktober 1969, Majelis Umum PBB mengesahkan hasil PEPERA dengan mengeluarkan Resolusi Majelis Umum PBB No. 2504. Resolusi itu sekaligus mengakhiri perdebatan panjang tentang status politik wilayah Papua. Artinya, keberadaan Papua sebagai bagian tak terpisahkan dari NKRI sudah FINAL.
Kalaupun saat ini muncul gagasan untuk menulis kembali sejarah integrasi Papua, itu dilakukan semata-mata untuk menegaskan kepada generasi muda bangsa Indonesia sekaligus penegasan kepada dunia bahwa Papua adalah Indonesia.
