Banyak pesantren modern telah mengadopsi kurikulum pendidikan umum yang disesuaikan dengan standar nasional, sehingga lulusan pesantren memiliki kemampuan yang setara dengan lulusan sekolah umum. Hal ini memberikan akses bagi para santri untuk mengembangkan ilmu agama yang telah mereka dapatkan di duni formal, tentunya harus didukung oleh pemerintah agar santri senantiasa berkontribusi bagi perkembangan pendidikan di indonesia ataupun di luar negeri.
3. Pengembangan Karakter
Pesantren mengajarkan nilai-nilai seperti disiplin, tanggung jawab, dan kerja sama melalui berbagai kegiatan keagamaan dan sosial. Pesantren menjadi salah satu lembaga yang paling intens dalam mendidik para santri karena 24 jam santri berada dalam lingkungan pondok. Ini memungkinkan pesantren terus dapat mengontrol para santri dalam hal kedisiplinan dan juga perkembangan mereka dalam memahami pelajaran-pelajaran yang telah mereka pelajari bersama guru-guru mereka di pondok.
Tantangan yang Dihadapi Pesantren
      Tak dapat dipungkiri bahwa di era globalisasi dan modernisasi ini pesantren menghadapi beberapa tantangan dalam upaya mempertahankan relevansinya. Sejalan dengan hal itu pondok pesantren harus senantiasa menjaga ke-khasan pesantren sesuai amanat undang-undang. Berbagai tantangan yang mungkin dihadapi pondok pesantren antara lain:
1. Modernisasi Kurikulum
      Pesantren perlu mengintegrasikan kurikulum modern yang sesuai dengan kebutuhan zaman tanpa mengorbankan nilai-nilai tradisional. Kurikulum menjadi salah satu hal terpenting dalam pendidikan pesantren. tak jarang pesantren memiliki kurikulum khas tersendiri dalam mencetak santri-santrinya. Pondok pesantren harus dengan cermat merumuskan berbagai tantangan yang ada yang memungkinkan akan mempengaruhi kurikulum yang telah dirumuskan sejak dulu dan menjadi ciri khas dalam membentuk keberhasilan lulusan. perlu sekali ada batasan-batasaan atau aturan bagi para santri untuk mereka supaya terjaga dari pengaruh sosial media yang bisa saja menjadi distraksi.
2. Penggunaan Teknologi
      Penerapan teknologi dalam proses belajar-mengajar masih menjadi tantangan bagi banyak pesantren. para santri seyogyanya diberikan wawasan-wawasan tentang teknologi apalagi yang berkaitan dengan peningkatan softskill para santri seperti penguasan microsoft word, microsoft exel dan lain-lain yang penting dalam urusan administrasi kelembagaan di dunia pendidikan.
3. Persaingan dengan Sekolah Umum
      Pesantren harus bersaing dengan sekolah umum dan internasional yang menawarkan fasilitas dan metode pengajaran yang lebih modern. Ini menjadi tantangan tersendiri bagi pesantren apalagi pesantren-pesantren.