Kaisar juga telah memerintahkan pembantaian beberapa ribu orang yang tinggal di Nanjing setelah mendengar satu orang membicarakannya tanpa rasa hormat. Puluhan ribu pejabat dan keluarga mereka dieksekusi karena menghasut, mengkhianati, korupsi, dan tuduhan lainnya. Pada masa ini, Kaisar Hongwu memberlakukan metode eksekusi menguliti dan mengiris dengan perlahan atau Ling Chi.
Terkait kebijakan untuk orang asing muslim dan keturunannnya di wilayah dinasti Ming, kaisar mengesahkan undang-undang untuk Muslim Mongol dan Asia Tengah diharuskan menikahi orang Han.Â
Dari beberapa sumber  mengklaim bahwa kaisar memiliki hubungan dekat dengan orang-orang muslim dan memiliki sekitar sepuluh jenderal muslim dan pasukan muslim Hui di militernya.Â
Selain itu, Hongwu memerintahkan pembangunan beberapa masjid di provinsi Nanjing, Yunnan, Guangdong dan Fujian. Setelah membangun kembali Masjid di Nanjing , sejumlah besar orang Hui yang beragama muslim pindah ke kota tersebut.Â
Sang kaisar menempatkan prasasti atau tablet berisi pujian terhadap Islam dan  nabi Muhammad di masjid-masjid yang dibangun. Kata-kata pujian kaisar atau Baizizan ()  tersebut berbentuk puisi eulogi dengan 100 karakter hanzi yang disusun ke dalam 25 bait. Puisi digubah sendiri oleh sang kaisar.Â
Berikut terjemahannya.
(sejak penciptaan alam semesta)
(Tuhan telah menunjuk pria)
(pengabar imannya yang agung)
(dari barat ia dilahirkan)