Stephen menemui dokter dan setelah menjalani beberapa tes ternyata ia memiliki penyakit syaraf motorik yang perlahan-lahan akan memengaruhi otot-otot ditubuhnya yang bisa memengaruhi gerakannya. Namun, dokter memberitahu bahwa penyakit ini tidak memengaruhi otaknya. Â
Dokter mengakatakan pasien dengan penyakit sepertinya hanya memiliki harapan hidup dua tahun. Setelah dokter mendiagnosis, Stephen hanya menghabiskan sebagian besar waktunya di kamar. Ia depresi dan marah ketika mencoba untuk menyelesaikan penelitiannya.
Brian memberitahu Jane tentang apa yang terjadi dengan Stephen. Kemudian ia mengunjungi Stephen dan mengajaknya untuk bermain helipad. Jane mendapat penolakan dari Stephen, namun Jane membujuknya untuk tetap bermain helipad, dan Stephen pun meng-iya-kan walaupun ia bermain dengan susah payah karena kondisi kaki dan tangannya yang sudah susah untuk digerakkan karena penyakitnya.Â
Jane mengatakan bahwa ia mencintainya dan akan tinggal dan bersamanya selama yang mereka miliki. Mereka menikah dan setelah dua tahun mereka memiliki dua anak, Robert dan Lucy.
Sebelum mereka menikah, Stephen bertemu dengan Dennis, Penrose, dan Kip Thorme (Enzo Cilenti) untuk meninjau tesisnya. Mereka setuju bahwa matematika sedikit ceroboh, namun teori keseluruhannya brilian.Â
Stephen mendapat gelar PhD-nya. Penyakitnya terus mempengaruhi Stephen, memaksanya untuk terus bergerak di kursi roda dan cara bicaranya juga mulai memburuk. Kemudian Jane dan anak-anaknya memberi Stephen kursi roda listrik sebagai hadiah.
Ibu Jane menyarankan agar dia bergabung kembali dengan paduan suara gereja untuk mengisi waktu luangnya. Di dana ia bertemu dengan seseorang yang mengajar paduan suara di gereja tersebut, yaitu Jonathan. Jonathan mendekati Jane dan keluarganya, bahkan ia juga dekat dengan Stephen Hawking.Â
Dia sering membantu keluarga Stephen saat melakukan perjalanan di luar rumah. Jane akhrinya tertarik dengan Jonathan. Namn, Jonathan mundur saat teman dan keluarganya mulai membicarakan sesuatu tentangnya.
Ketika Jane pergi bersama Jonathan, Stephen pergi menonton opera. Namun, Stephen krisis dan mengalami koma. Para dokter ragu untuk melakukan tracheostomy pada Stephen karena otot-ototnya sudah mengalami atrofi yaitu kemampuan Stephen untuk berbicara akan terganggu. Jane terus bersikeras untuk melakukan tracheostomy.
Jane memperoleh bantuan dari Elaine yang dengan cepat memenuhi kebutuhan Stephen. Sementara itu Jane mulai menjauh darinya. Kemudian Stephen mendapat program bantuan robot yang sangat membantunya dalam melakukan komunikasi.Â
Namun, Jane mulai menyerah dan akhirnya Jane dan Stephen bercerai. Kemudian Jane menikah dengan Jonathan dan Stephen tetap dirawat oleh Elaine. Walaupun mereka telah bercerai, Stephen tetap mengajak Jane sebagai pasangannya untuk menemaninya menerima gelar dari Ratu. Â
