Rika membuka sebuah toko buku kecil. Ia sering mendapatkan pandangan dan komentar buruk dari orang-orang karena telah berpindah agama menjadi seorang Katolik. Namun, meskipun begitu Rika tetap menjalani hari-harinya dan tetap menjalani ibadahnya dengan sangat baik. Rika percaya bahwa Tuhan akan menepati janji-Nya untuk menyelamatkan dirinya. Ia telah mengambil keputusan yang cukup berani dan sempat dikatakan bahwa Ia adalah wanita hebat yang telah berhasil mengambil langkah untuk menjadi dirinya yang lebih baik.
Kemudian, permasalahan selanjutnya adalah mengenai seorang pria bernama Hendra. Ia memiliki seorang ayah yang mengidap penyakit dan diyakini sudah tidak bisa bertahan hidup lebih lama lagi. Hendra adalah pria yang sulit untuk menghargai sesamanya, terutama umat Islam. Jauh berbeda dengan ayahnya. Bagaimanapun ayahnya mengajarkan dia untuk menghargai sesama, Ia tidak pernah ingin mendengarkan omongan ayahnya. Kemungkinan besar alasan Hendra tidak bisa menghargai orang-orang tersebut adalah karena Ia merasa tidak dihargai juga oleh umat Islam. Ia sering diejek "China" hanya karena rasnya dan hal tersebut membuat dirinya cukup kesal.
Ayahnya membuka sebuah restoran makanan china. Hendra dari kecil belum pernah mencoba untuk membantu ayahnya dalam menjalankan restoran tersebut dan selalu mengabaikan ajaran dari ayahnya. Sampai suatu ketika, ayahnya sempat pingsan ketika sedang menjalani pekerjaannya karena kelelahan. Mulai dari situ, Hendra mencoba mengambil langkah untuk membantu ayahnya dalam pekerjaannya. Namun, sampai saat itu pun Ia masih belum paham penting menghargai perbedaan antar sesama yang salah satunya adalah mengenai agama.
Ketika bulan Ramadhan, Hendra melakukan sebuah kesalahan yang berakibat cukup fatal. Ia tetap membuka restorannya walaupun sudah diingatkan oleh ayahnya untuk menutupi restoran mereka dengan tirai sebagai tanda bahwa mereka menghargai umat-umat yang sedang merayakan hari raya pada saat itu. Namun, Hendra tidak setuju dan memprotes hal tersebut. Ia pun akhirnya membuka restoran ayahnya dan menyuruh para pegawainya untuk tetap bekerja, padahal biasanya ayahnya akan selalu meliburkan para pegawainya. Sampai akhirnya, restoran mereka diserbu oleh umat-umat Islam dan kejadian tersebut yang menyebabkan kematian ayahnya.Â
Lalu, permasalahan ketiga adalah mengenai seorang pria bernama Surya. Ia memiliki permasalahan dalam hal finansial. Ia sudah berhutang kepada seorang Ibu kos bernama Novi selama 4 bulan dan sudah sering sekali ditagih hutangnya, namun Ia belum sanggup membayarnya sampai-sampai kamarnya ditempati oleh orang lain dan Ia terpaksa tidur di dalam Masjid. Ia bekerja sebagai seorang aktor akan tetapi sangat disayangkan sekali, Ia selalu mendapatkan peran sebagai seorang penjahat atau hanya sebagai aktor figuran saja. Sampai akhirnya Ia bertemu dengan wanita bernama Rika dan ditawarkan berakting untuk drama "Penyaliban Yesus" di gerejanya.Â
Surya awalnya bimbang dengan tawaran tersebut dan sempat menolaknya karena khawatir akan pandangan orang-orang terhadap dirinya. Hal yang membuatnya ragu juga adalah karena agamanya Islam dan Ia ditawarkan untuk menjadi peran utama dalam akting gereja tersebut yaitu menjadi Yesus. Ia memikirkan pilihannya cukup lama sampai akhirnya Ia menerima tawaran tersebut. Sebelum acara drama dilaksanakan, sempat ada permasalahan yang hampir membuat drama tersebut dibatalkan. Beberapa umat gereja tidak setuju peran Yesus dimainkan oleh seorang pria beragama Islam karena dianggap menjelekkan pandangan masyarakat terhadap Tuhan mereka, akan tetapi Romo dalam gereja tersebut memperingati mereka dengan ajaran yang diajarkan oleh Tuhan dan acara drama tersebut tetap bisa berjalan dengan lancar.
Permasalahan terakhir adalah mengenai pasangan suami istri bernama Menuk dan Soleh. Menuk bekerja di restoran ayahnya Hendra dan pada saat itu, suaminya masih belum memiliki pekerjaan dan merasa bahwa Ia adalah suami dan kakak yang buruk dan tidak berguna. Bahkan sempat Ia ingin Menuk menceraikan dirinya hanya karena Ia merasa tidak pantas menjadi suami Menuk. Soleh sering sekali terlibat dalam masalah dengan Hendra karena kurangnya toleransi antar satu sama lain. Soleh sering mengatai Hendra "China" karena rasnya dan tidak bisa menjaga etika dengan orang lain.
 Ia begitu stress karena susahnya mencari pekerjaan sampai akhirnya Ia diterima menjadi seorang anggota banser NU. Menuk awalnya cukup khawatir dengan pekerjaan suaminya yang berbahaya itu namun Ia tetap mempercayai Soleh dengan sepenuh hati. Suatu hari, Soleh dipekerjakan untuk menjaga gereja yang sedang mengadakan acara. Ketika acara sedang berlangsung, Soleh diam-diam masuk ke dalam gereja dan memperhatikan drama yang sedang berjalan. Namun, ia tiba-tiba melihat sebuah kotak yang tidak disangka berisi bom. Soleh sangat terkejut dan bingung harus berbuat apa. Tiba-tiba, Ia teringat kembali hal-hal buruk yang sempat Ia lakukan kepada istri dan orang-orang lain juga dan memutuskan untuk membawa bom tersebut keluar agar umat-umat dalam gereja selamat. Untuk pertama kalinya Ia memikirkan keselamatan orang lain sampai mengorbankan nyawanya sendiri. Kematiannya sangat dihargai oleh masyarakat.
Ulasan Film
Menurut saya, film ini cukup bagus. ada kelebihan yang saya temukan dalam film ini yaitu kualitas dari filmnya. Meskipun ini adalah film lama namun pesan yang disampaikan sangat tajam. Di setiap permasalahan yang timbul selalu ada penyelesaian dengan pesan yang jelas. Karakter Soleh yang awalnya sangat bermasalah berani mengorbankan nyawanya demi umat-umat yang beragama berbeda dengan dirinya. Rika yang masih mau membantu Surya walaupun Ia sudah berbeda agama dengannya. Serta ayah Hendra, Tan Kat Sun yang selalu menghargai setiap orang meskipun banyak yang sering bersikap buruk padanya. Toleransi dan saling menghargai menjadi kunci utama dalam penyelesaian masalah-masalah tersebut, sehingga penonton pun menjadi paham betapa pentingnya kita menghargai dan meningkatkan toleransi kita terhadap sesama. Selain itu, permasalahan yang ditampilkan dalam film ini sangat akurat dengan dunia nyata sehingga sangat mudah untuk dipahami.
Ada juga kekurangan yang saya temukan dari film "Tanda Tanya". Menurut pendapat saya, film ini menyatukan terlalu banyak konflik. Permasalahan yang ada dalam film ini cukup banyak dan semuanya dijadikan satu film. Menurut saya, hal ini cukup membingungkan saya ketika menontonnya karena terlalu sering bergantinya permasalahan di setiap adegan filmnya. Saya harus bisa menghafalkan setiap permasalahannya agar tidak keliru dalam memahami pesan yang disampaikan.
