Walaupun sedikit demi sedikit para sultan telah kehilangan kekuasaan di Ternate, namun tidak membuat para sultan tersebut kehabisan akal untuk terus mengusir Belanda dari Maluku. Pada tahun 1914, Sultan Haji Muhammad Usman Syah (1896-1927), menggerakan pasukan rakyat di wilayah-wilayah kekuasaannya secara diam-diam. Dimulai dari Banggai yang dipimpin Hairuddin Tomagola, namun akhirnya gagal. Sultan Haji Muhammad Usman Syah yang terlibat pemberontakan diturunkan dari jabatannya dan dibuang ke Bandung pada tahun 1915 dan meninggal pada 1927.
Tidak sedikit perlawanan rakyat yang dikerahkan untuk menghentikan penjajahan Belanda di Maluku, akan tetapi karena kondisi militer Belanda yang lebih unggul daripada rakyat pribumi Maluku (termasuk Ternate), maka tidak sedikit pula ditemui kekalahan di berbagai wilayah pemberontakan. Pasca penurunan jabatan Sultan Haji Muhammad Usman Syah, kedudukan tersebut tidak diisi selama kurang lebih 14 tahun. Pemerintahan dikerahkan oleh jogugu dan dewan kesultanan. Belanda sempat terpikir untuk menghapus Kesultanan Ternate pada masa itu, namun karena khawatir akan terjadinya pemberontakan baru yang lebih besar dari sebelumnya, maka dengan pertimbangan penuh, niat itu diurungkan.Â
Warisan-warisan budaya Kesultanan Ternate tetap ada walaupun sebagai pemimpin Imperium Nusantara Timur, Ternate mulai runtuh pada abad ke-17. Hal ini dikarenakan sejarah yang panjang dan pengaruh yang diberikan Ternate pada wilayah Nusantara bagian timur seperti Sulawesi dan Maluku. Pengaruh yang diberikan mencakup adat-istiadat, bahasa dan agama. Juga, sebagai kerajaan Islam terbesar di wilayah timur Nusantara, pengaruh Ternate terhadap pengenalan dan pemakaian syariat-syariat Islam diantara masyarakat Nusantara Timur, bahkan Filipina sangatlah berarti. Warisan lain yang disebut sebagai 'Naskah Melayu Kedua Tertua di Dunia' setelah Tanjung Tanah merupakan dua naskah surat sultan Ternate, dari Sultan Abu Hayat II kepada Raja Portugal tanggal 27 April dan 8 November 1521. Surat-surat tersebut kini diabadikan di dalam Museum Lisabon di Portugal.
Berikut ini warisan-warisan budaya Kesultanan Ternate yang berhasil diselamatkan rakyat :
1. Keraton Kesultanan Ternate
  Bangunan ini bergaya abad ke-19. Dan merupakan representasi dari model arsitektur Cina. Merupakan gedung berlantai dua menghadap ke arah laut dan dikelilingi benteng-benteng peninggalan Belanda di Ternate, serta berada satu komplek dengan Masjid Jami Ternate. Konon, pembangun keraton ini adalah Sultan Baab Mashur Malamo. Telah dilakukan pemugaran sebanyak dua kali pada 1978-1982. Pemugaran ini dilakukan oleh DR Daoed Joesoef. Keraton ini merupakan peninggalan Kerajaan Islam Tertua di Nusantara yang masih memiliki nuansa sejarah yang kental. Letaknyadi Jalan Sultan Khairun, kelurahan Salero, kecamatan Ternate Tengah, Kota Ternate, Maluku, keraton ini menjadi satu-satunya bangunan tradisional yang masih bisa berdiri megah di pusat kota Ternate. Bangunan ini menghadap kearah timur dan memiliki latar belakang Gunung Gamalama. Pada masa kini, bangunan ini dipakai sebagai Museum Kesultanan Ternate.  Sampai sekarang, masih banyak tradisi yang dilakukan masyarakat untuk memperingati hari kelahiran sultan-sultan Ternate.Â
2. Masjid Jami Ternate dan Makam
