Eukariota muncul pertama kali dalam evolusi dan prokariota berevolusi dari mereka. Eukariota muncul bersamaan dengan Eubacteria dan Archaeabacteria sehingga nenek moyang eukariota sejajar dengan prokariota. Eukariota muncul tanpa endosimbiosis dan muncul melalui kejadian simbiotik, yaitu asal mula endosimbiotik yang bersamaan dari flagela dan inti sel.
Fosil tertua dari prokariota ditemukan sekitar 3.5 miliar tahun yang lalu, yaitu sekitar 1 miliar tahun setelah pembentukan kerak bumi. Bahkan hari ini, prokariota mungkin adalah bentuk kehidupan yang paling berhasil dan banyak ditemukan. Eukariota pun muncul dalam catatan fosil beberapa masa kemudian, dan mungkin telah terbentuk dari endosimbiosis dari beberapa nenek moyang prokariota. Fosil eukariota tertua berumur sekitar 1.7 miliar tahun. Akan tetapi, beberapa bukti genetik mengarah pada kesimpulan bahwa eukariota muncul 3 miliar tahun yang lalu.
Prokariota telah berdiversifikasi besar-besaran dalam kurun waktu yang bisa dikatakan lama. Metabolisme prokariota jauh memiliki lebih banyak variasi daripada eukariota, sehingga dapat terciptanya bermacam-macam tipe prokariota. Misalnya, di samping menggunakan hasil dari proses fotosintesis yang telah dilakukan atau senyawa organik yang digunakan sebagai energi, seperti halnya eukariota, prokariota mendapat energi dari senyawa anorganik seperti hidrogen sulfida, sehingga membuat prokariota bisa bertahan di lingkungan yang ekstrim, seperti di lingkuangan yang sedingin permukaan salju Antartika, dan sepanas lubang hidrothermal dasar laut dan sumber air panas.
Mengapa sel prokariotik yang bisa dibilang kurang sempurna, karena tidak memiliki membran inti lebih banyak ada dan hidup daripada sel eukariotik yang memiliki membran inti? Kenapa, ya kira-kira? Hal ini disebabkan sel prokariotik itu dapat menjaga eksistensinya dari kepunahan dibandingkan dengan sel eukariotik,dengan berlandaskan sistem reproduksi  yang dimiliki oleh sel prokariotik relatif lebih singkat dengan melakukan pembelahaan biner. Pada pembelahan biner, kromosom diduplikasi dan selanjutnya akan menempel pada membran plasma. Kemudian akan terjadi pertumbuhan di antara dua tempat pelekatan pada kromosom tersebut untuk melakukan pemisahan inti. Sitokinesis atau nama lainnya pemisahan inti selanjutnya dilanjutkan dengan pembentukan dinding sel sehingga terbentuknya 2 sel anak. Sel prokariotik, seperti sel bakteri dapat melakukan pembelahan biner setiap 20 menit, cukup singkat ya sehingga bisa dibilang bahwa penyebaran sel kanker itu sangat cepat dan tak terhindarkan jika tidak dapat penanganan yang baik dan tepat. Tentunya hal tersebut membuktikan bahwa  bakteri memiliki kemampuan untuk  memperbanyak diri yang sangat menakjubkan.
Sedangkan dalam sistem reproduksi yang dimiliki oleh sel eukariotik dilakukan dengan pembelahan mitosis dan meiosis. Pembelahan mitosis merupakan pembelahan yang menghasilkan sel anak yang dapat membelah lagi selanjutnya. Pembelahan ini terjadi secara bertahap dan terjadi pada sel tubuh (somatis) dengan tujuan pertumbuhan, pertambahan sel, dan regenerasi pada sel. Pada sel-sel meristematik hewan dan tumbuhan, pembelahan yang terjadi adalah pembelahan mitosis yang berguna untuk pertumbuhan. Pembelahan mitosis menghasilkan dua sel anak yang identik dengan induknya. Hal ini menunjukkan bahwa  sel haploid (n) akan menghasilkan 2 sel haploid (n) dan sel diploid (2) akan menghasilkan 2 sel diploid (2).
Pembelahan meiosis merupakan pembelahan yang menghasilkan gamet atau sel kelamin. Gamet ini tidak dapat membelah lagi sampai dengan adanya tahap pembuahan atau fertilisasi. Pembelahan ini terjadi pada pembentukan sel kelamin (gametogenesis) pada kelenjar kelamin (gonad) pada hewan dan tumbuhan. Tujuan pembelahan ini adalah untuk mengurangi jumlah kromosom yang berguna untuk menyamakan komposisi kromosom anak dan induk.
Alasan kedua mengapa sel prokariotik dapat bertahan dari kepunahan adalah tebal dan kompleksnya peptidoglikan yang dimiliki pada dinding sel yang hanya dimiliki oleh bakteri atau sel prokariotik. Peptidoglikan atau murein adalah polisakarida yang terdiri dari dua gula turunan yaitu asam-N-asetil glukosamin serta asam N-asetilmuramat yang dihubungkan ikatan -1,4, dan sebuah rantai peptida pendek yang contohnya terdiri dari asam amino l-alanin, d-alanin, d-asam glutamat, dan baik l-lisin atau asam diaminopimelik (DAP)-asam amino langka yang hanya ditemukan pada dinding sel prokariot.
Peptidoglikan itu sendiri merupakan komponen utama dinding sel bakteri yang bersifat kaku. Fungsi dari peptidoglikan ini adalah untuk menjaga integritas sel serta menentukan bentuknya. Struktur dasar peptidoglikan adalah selubung yang menyelimuti sel yang tersusun dari utas-utas peptidoglikan yang berdampingan satu sama lain dan dihubungkan dengan ikatan silang tetrapeptida yang terbuat dari asam amino. Peptidoglikan dapat ditemukan baik pada bakteri gram positif maupun bakteri gram negatif, tapi dengan struktur yang sedikit berbeda. Dinding sel pada bakteri gram positif tersusun atas lapisan peptidoglikan yang lebih tebal, sedangkan bakteri gram negatif memiliki lapisan peptidoglikan yang lebih tipis, tetapi mempunyai struktur lipopolisakarida yang tebal. Lipopolisakarida itu sendiri merupakan molekul besar yang terdiri dari senyawa lipid dan polisakarida yang kompleks yang memiliki ikatan kovalen. Senyawa ini bersifat endotoksin yang memicu aktifnya sistem kekebalan berupa racun.
Tidak hanya bakteri gram negatif yang memiliki sistem ketahanan, tapi bakteri gram positif juga memiliki sistem ketahanan hanya saja sedikit berbeda. Apabila bakteri gram poitif berada di tempat atau lingkungan yang ekstrem atau kurang kondusif, bakteri gram positif akan membentuk endospora di dalam sel. Endospore yang dibentuk ini merupakan bentuk bakteri yang tidak aktif dan bersifat impermeabel. Dengan demikian, bakteri gram positif dapat tahan terhadap desinfektan dan keadaan lingkungan yang kurang mendukung. Apabila kondisi lingkungan di sekitarnya membaik, maka endosperma ini akan berkecambah membentuk sel vegetatif baru. Dengan sistem kekebalan yang dimiliki, bakteri ini mampu bertahan dari kepunahan. Apalagi mengingat fakta bahwa sel prokariotik kebanyakan merupakan sel patogen yaitu sel yang merugikan bagi makhluk hidup, seperti bakteri sehingga hal inilah yang membuat sel ini memiliki sistem pertahanan diri yang lebih kuat daripada sel-sel lainnya.
Sel eukariotik memiliki peran yang sangat penting untuk keberjalanan dan kelestarian lingkungan yang ada, karena kebanyakan dari sel ini memiliki peran penting dalam siklus-siklus yang tak bisa lepas dari kehidupan, misalnya siklus nitrogen (N2) ataupun fosfor (P4) dan masih banyak hal lagi. Tetapi hal inilah yang membuat sel eukariotik tidak dapat bertahan lama seperti yang dialami oleh sel prokariotik. Tak hanya dalam siklus, tetapi sel eukariotik juga berperan dalam kebersihan lingkunga, yaitu dalam proses bioremidiasi. Bioremidiasi itu sendiri merupakan proses dimana mikroorganisme, yaitu sel eukariotik memodifikasi polutan yang ada dengan enzim yang dimiliki. Polutan itu sendiri  merupakan zat ataupun senyawa kimia yang memiliki dampak buruk untuk kesehatan lingkungan sekitar.
Dan kembali pada pemahaman awal lagi, bahwa sel prokariotik itu tidak memiliki membran inti sedangkan sel eukariotik itu memiliki membran inti itu juga berpengaruh pada keeksistensian yang ada. Karena letak dan jumlah membran inti yang dimiliki juga memiliki peran yang besar dalam keeksistensian ataupun keberadaan sel yang ada.