Kata Madiun berasal dari kata Mbedi dan ayun-ayunan.Â
Mbedi adalah sendang.Â
Sedangkan ayun-ayunan adalah perang tanding.
Hal ini karena pada saat itu terjadi perang tanding yang dipimpin Retno Dumilah di sekitar sendang.Â
Sehingga mereka menyebutnya Mbediun. Sampai sekarang penyebutan ini masih ada yang menggunakan.Â
Versi 3
Berasal dari kata Madya (tengah) dan ayun (depan)Â
Hal ini karena Pangeran Timur adalah adik ipar  Sultan Hadiwijoyo.
Pangeran Timur juga salah satu bangsawan Demak yang sangat di hormati oleh Sultan Hadiwijoyo di Kasultanan Pajang.
Maka pada waktu acara pisowanan beliau selalu duduk sejajar dengan Sultan Hadiwijoyo di Madya ayun (tengah depan)
Sejarah Masjid Kuno Kuncen
Pada tahun 1568 terjadilah sejarah baru di Kesultanan Demak yang berdampak di daerah Madiun dan sekitarnya.
 Jaka Tingkir yang selanjutnya disebut Hadiwijaya, dengan restu para wali menggantikan kedudukan mertuanya Sultan Trenggono sebagai sultan.