Siklus pertumbuhan alga sangat singkat (satu sampai sepuluh hari), yang memungkinkan untuk beberapa kali panen. Ini berarti bahwa hasil biomassa alga jauh lebih tinggi dibandingkan dengan tanaman konvensional, yang selanjutnya memungkinkan produksi minyak seratus kali lebih banyak daripada tanaman seperti lobak minyak dan kedelai
Setelah siklus pertumbuhan setelah pemanenan: Teknologi pemanenan yang diterapkan tergantung pada jenis alga yang ditanam dan mencakup dua proses utama, yaitu pengumpulan dan pemekatan biomassa alga. Pemisahan kadar air terkait dengan pengumpulan biomassa ini untuk proses produksi biodiesel selanjutnya. Proses ini melibatkan dua langkah spesifik:
Pemisahan dan pengentalan mikroalga dari suspensi curah dengan saringan mikro, proses elektroforesis, dan sedimentasi, flotasi, dan flokulasi;
Penghilangan air  (de-watering)  bubur mikroalga, dengan menerapkan filtrasi, atau sentrifugasi
Langkah pertama yang dilakukan dalam pengumpulan alga adalah dengan melakukan proses penyaringan atau filtrasi. Saringan mikro dan layar getar adalah perangkat penyaringan standar yang digunakan.
 Tingkat pemanenan yang tinggi dan efisiensi penyisihan 95% dapat dicapai dengan menggunakan filtrasi layar bergetar. Untuk peningkatan konsentrasi, berbagai sistem sentrifugasi digunakan, seperti cakram pelontar padat, dekanter mangkuk padat, dan siklon hidro. Sentrifugasi merupakan metode tercepat dengan pemulihan biomassa hingga 95% dalam kondisi optimal, sehingga lebih disukai daripada metode lain.
Untuk sistem alga besar (fotobioreaktor tertutup), dibutuhkan 73 kg air untuk memproses 1 kg biomassa alga, yang membutuhkan konsumsi energi tinggi. Menerapkan flokulasi mengurangi konsumsi energi. Flokulasi melibatkan beberapa proses kompleks: pertama, pengotor koloid yang tidak stabil saat netralisasi, dan pembentukan agregat; kedua, adsorpsi bahan organik oleh agregat melalui proses bridging; akhirnya, agregat partikel dihilangkan dengan sedimentasi, filtrasi, dan penyapuan .
Beberapa teknik flokulasi dapat digunakan seperti flokulasi kimia, flokulasi otomatis, flokulasi anorganik, proses elektrolitik, dll. Untuk pabrik skala besar, pemanenan dengan metode koagulasi-flokulasi kimia terlalu mahal. Metode ini memiliki kelemahan lain yang mempengaruhi kualitasnya, yaitu sulitnya memisahkan alga dari bahan kimia berlebih. Terganggunya CO2 ke dalam sistem alga merupakan solusi dari permasalahan tersebut, yang menyebabkan terjadinya auto flokulasi, dimana alga berflokulasi dengan sendirinya.
Dalam proses flotasi, gelembung udara menempel pada massa alga dan mengangkatnya ke permukaan cairan di mana mereka lebih mudah dikumpulkan. Setelah mengkonsentrasikan suspensi alga pada 5% sampai 15% bahan kering, dehidrasi slurry lebih lanjut diperlukan untuk melanjutkan ke tahap produksi biodiesel berikutnya. Sejumlah energi yang signifikan diperlukan untuk pengeringan biomassa alga, sebesar 11,22 MJ/kg. Oleh karena itu, pengeringan merupakan masalah ekonomi yang signifikan karena energi yang dibutuhkan untuk mengeringkan alga dapat menjadi bagian terbesar dari biaya pemrosesan. Menghapus kadar air dari biomassa alga diperlukan karena kelembaban mengganggu langkah-langkah pengolahan lebih lanjut, seperti ekstraksi lipid dan transesterifikasi.
Banyak teknik dehidrasi yang berbeda dapat digunakan untuk pengeringan suspensi alga seperti pengeringan matahari, pengeringan beku, pengeringan berkedip, pengeringan putar, pengeringan semprot, pengeringan toroidal, dan pengeringan fluid bed. . Semua teknologi khusus untuk pengentalan dan pengeringan bubur alga memiliki karakter yang berbeda. Strain mikroalga, ukuran, morfologi, dan komposisi media yang digunakan untuk budidaya, mempengaruhi efektivitas teknologi ini.
Sangat penting untuk menganalisis semua teknologi yang tersedia sebelum memilih mana yang akan diterapkanÂ
