Namun, dua tahun setelah peresmian Galeri II museumnya Affandi menghembuskan nafas terakhirnya, tepat pada tanggal 23 Mei 1990, disusul oleh istri pertamanya yaitu Maryati yang menghembuskan nafas terakhirnya satu tahun setelahnya yaitu pada tanggal 26 Mei 1991. Makam Affandi dan istri pertamanya Maryati ini dibuat bersebelahan, mereka dimakamkan di kediamannya yang sekarang sudah menjadi Museum Affandi.
Tujuh tahun setelah wafatnya Affandi  yaitu pada tahun 1997, Museum Affandi membangun Galeri III yang diresmikan tahun 2000 oleh Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta yaitu Sri Sultan Hamengkubuwono X.
Galeri Terakhir atau Galeri IV dibangun pada tahun 2002, pembangunan ini bertujuan untuk memamerkan lukisan-lukisan karya anggota keluarga Affandi, termasuk karya Didit (cucu Affandi).
Museum Affandi terletak di Daerah Istimewa Yogyakarta, tepatnya di jalan Laksda Adisucipto no 167 Yogyakarta, museum ini berada di tepi sungai Gajah Wong. Museum Affandi terletak pada lahan seluas 3,5 hektar dan terdiri dari 4 Galeri beserta bangunan pendukung lainnya. Selain museum, ada juga bangunan unik dengan dua lantai yang dulunya menjadi tempat tinggal Affandi dan keluarga. Pada Galeri-Galeri yang ada di Museum ini berisi karya-karya Affandi, kerabat terdekat serta keluarganya.
Pada pengunjungan saya pribadi pada tanggal 15 Maret 2022 kemarin ada banyak daya tarik yang ada di Museum Affandi ini.
Di lokasi Museum terdapat pepohonan rindang disekitar lahan parkir, suasana di Museum juga tidak terlalu panas meski pengunjung datang di siang hari. Didalam Museum ini terdapat lebih dari 300 lukisan karya Affandi yang tersusun rapi. Tidak hanya lukisan Affandi, ada juga sekitar 700 lukisan dari pelukis-pelukis terkenal yang tertata rapi di Museum tersebut.
Selain lukisan, di dalam Galeri juga dipamerkan barang-barang pribadi yang pernah digunakan oleh Affandi. Barang-barang yang ada seperti mobil, alat komunikasi, sepeda serta cerutu yang selalu Affandi gunakan terpajang di museum dengan kondisi yang terawat.
Pada bangunan disebelah museum yang dahulunya merupakan rumah Affandi sekarang dijadikan sebuah caf bernama Caf Loteng yang dapat dikunjungi oleh pengunjung. Ada juga makam Affandi dan istri pertamanya Maryati yang berada di sebelah utara Galeri I atau diantara Galeri I dan Galeri II yang juga sanagat terawat, pengunjung diperbolehkan untuk masuk dan mengirim doa.
Lukisan-lukisan yang dipajang di Galeri I merupakan karya Restropektif Affandi yang memiliki nilai sejarah mulai dari awal karirnya hingga selesai. Semua lukisan yang di pajang di Galeri ini tidak dijual, hanya untuk dinikmati pengunjung. Semua lukisan yang terpajang di Galeri terdapat keterangan, pengunjung juga bisa bertanya lebih jauh mengenai lukisan tersebut kepada pemandu yang ada disana.
Pada Galeri I juga berisikan barang-barang pribadi Affandi yang digunakan semasa hidupnya. Barang yang ada antara lain mobil sedan Mitsubishi Gallant, sepeda, kuas, sarung dengan motif kotak-kotak yang sering ia gunakan, klipping, foto-foto kenangan, serta pipa cerutu. Semua peninggalan Affandi ini diberi penjelasan dalam dua bahasa, yaitu Indonesia dan Inggris. Selain itu ada juga patung Affandi dengan anak perempuan tunggalnya yaitu Kartika Affandi.
Memasuki Galeri II kita akan melihat disisi kanan banyak sketsa lukis karya Affandi sebelum terbang ke India, dan disisi kiri berderet lukisan-lukisan Affandi setelah pulang dari India. Selain itu ada juga beberapa lukisan dari teman-temannya Affandi baik yang masih hidup ataupun yang sudah meninggal seperti Basuki Abdullah, Popo Iskandar, Hendra, Rusli, Fajar Sidik dan lain-lain.
