Dalam mengembangkan manajemen kinerja, selalu ada tantangan yang dihadapi. Banyak karyawan tidak suka dengan pendekatan yang dimiliki manajemen kinerja ini yaitu melalui interview yang dimana harus dilakukan saat waktu kerja dan manajer sendiri pun harus melakukannya selang tugasnya untuk perencanaan perusahaan, dan tugas lainnya.
Pendekatan manajemen kinerja ini mencakup perencanaan, pengawasan, peninjauan, dan pengembangan yang mencakup waktu tahunan untuk diimplementasikan di karyawan dan perusahaan. Ada beberapa fitur yang dimiliki manajemen kinerja dalam perusahaan, seperti perusahaan bisa memiliki tujuan bersama yang bisa dibagikan oleh karyawan, kinerja karyawan dalam individu bisa beroperasi seiringan dengan target kelompok  dan misi perusahaan yang lebih besar,dalam proses review kinerja bisa mengidentifikasi kekurangan yang bisa di latih kembali dan dikembangkan, dan perusahaan bisa mengevaluasi kefektifan dari manajemen kinerja untuk mengubah dan meningkatkan manajemen tersebut.
Ada beberapa tantangan yang dialami manajer dalam proses manajemen kinerja seperti tidak cukup waktu untuk melakukan review, lalu manajer sendiri harus mengisi formulir untuk memulai peninjauan kinerja tersebut. Lalu, ada beberapa manajer yang memiliki rasa iba atau tidak ingin mengkritik karyawannya karena takut mencederai perasaan dan dianggap manajer yang "galak".
Dalam sisi karyawan tantangan yang ada adalah karyawan dalam perusahaan memiliki pengalaman buruk dengan penilaian kinerja di masa lalunya. Hal ini berdampak hingga sekarang dan menghambat jalannya proses manajemen kinerja. Lalu karyawan tersebut tidak suka dikritik oleh siapapun, meski dari atasannya. Hal ini bisa jadi kesalahan dari perusahaan karena merekrut karyawan yang tidak ingin dikritik, namun hal ini harusnya bisa dilatih untuk bisa menerima kritikan dari kolega dan atasannya. Dan, tantangan yang paling krusial adalah karyawan tidak mengerti apa yang harus dilakukan saat menerima review kinerja dari atasannya. Jika hal ini terjadi, karyawan tidak bisa berkembang sesuai dengan standar perusahaan dan perusahaan juga tidak bisa mencapai tujuan besar mereka.
Dalam penilaian kinerja sendiri memiliki beberapa kriteria untuk dinilai, umumnya antara lain hasil kerja dari karyawan, kemampuan yang dimiliki karyawan, sikap dari karyawan, gaya kepemimpinan dari atasannya, motivasi kerja yang dimiliki karyawan. Hal ini bertujuan untuk menentukan kebutuhan dalam melakukan pelatihan kerja di masa yang datang, bisa menjadi dasar dari perkembangan karir karyawan, menjadi patokan untuk keputusan promosi jabatan dari karyawan tersebut, dan menjadikan dasar sistem pemberian kompensasi yang diberikan perusahaan sebagai balas jasa karyawan yang sudah bekerja keras.
Tantangan umum yang biasanya terjadi dalam evaluasi kinerja di perusahaan cukup banyak dan meliputi keseluruhan evaluasi tersebut, dan akan berakibat karyawan tidak bisa mengerti dan menangkap apa yang dilakukan untuk memperbaiki kesalahannya dan untuk kepentingan karir karyawan tersebut. Kurangnya standar dalam evaluasi kinerja salah satunya. Standar evaluasi kinerja yang dimiliki perusahaan mungkin tidak relevan dan terlalu subjektif dalam penilaiannya. Dalam pengukuran kinerjanya pun tidak nyata dan cenderung jelek dalam menilai kinerja yang dilakukan karyawan perusahaan. Permasalahan ini bisa berdampak kepada komunikasi antar manajer dengan karyawan semakin buruk dan gap antara kedua pihak tersebut akan semakin renggang dan buruk untuk menerapkan data yang tersedia di penilaian kinerja yang sudah diberikan.
