Semisal, ada penumpang yang naik rute 1A dari Seberang Ambarukmo Plaza (Amplaz) menuju Malioboro. Jika ia ingin kembali ke Amplaz dari Malioboro, tentu tidak bisa naik bus rute 1B karena bus rute ini tidak melewati Malioboro.
Kalau mau, ia harus berjalan jauh ke Taman Pintar. Maka, ia bisa naik kembali bus rute 1A dan turun di Bandara Adisucipto. Kemudian, ia bisa naik bus rute 1A kembali dari arah Prambanan yang menuju Malioboro dan turun di Amplaz.
Sistem ini cukup menyulitkan bagi penumpang awam kenapa harus turun dulu di Bandara. Alasannya adalah bus 1A yang ia tumpangi dari Malioboro akan bablas ke Prambanan setelah dari Bandara. Jika ia tetap naik, maka akan memakan waktu lama. Untuk itulah, penumpang tersebut harus transit dulu di Bandara.
Sementara itu, rute bus yang menggunakan sistem end to end adalah rute bus yang tidak memiliki kode A dan B. Ada 9 rute bus yang menggunakan sistem ini, yakni rute 7 sampai 15. Maka, jika kita ingin kembali ke titik awal dari tempat tujuan, maka kita tinggal menyeberang jalan menggunakan rute yang sama.Â
Semisal, jika kita naik rute 15 dari Malioboro ke arah Pasar Bantul, maka kita tinggal menyeberang jalan dan naik bus rute 15 kembali ke Malioboro.
Walau kelihatannya sederhana, tetapi tidak semua perjalanan tinggal membalik rute. Ada kalanya kita sebagai penumpang harus transit ke rute bus lain. Makanya, sering bertanya pada petugas halte atau kondektur bus sangat dianjurkan saat naik Trans Jogja.
Sebenarnya, penumpang bisa menggunakan aplikasi Trans Jogja atau Mitra Darat untuk mengetahui beberapa opsi perjalanan Trans Jogja dengan rute terpendek. Pada beberapa halte, kini sudah terpasang wayfinding atau info arah dan rute bus dengan cukup jelas.
Berbagai kemudahan tersebut nyatanya tidak membuat orang terutama wisatawan mau menggunakan Trans Jogja. Alasan utamanya tentu kembali pada rute yang berputar-putar.
Pihak Trans Jogja pun beberapa kali mengubah rute untuk efisiensi dan melakukan pertukaran rute dengan Teman Bus pada rute yang banyak ditumpangi.Â