Setelah menerima hasil pemeriksaan BPK, Pemda menindaklanjuti hasilnya dengan melakukan beberapa perbaikan atas kelemahan tersebut. Langkah pertama yang dilakukan adalah melakukan kegiatan penelusuran dokumen pendukung dan menyajikan saldo kas dana Bantuan Operasional Sekolah pada  akun kas lainnya di neraca keuangan. Kedua, melakukan kegiatan rekonsiliasi atas kas lainnya yang berasal dari dana BOS. Ketiga, melakukan perbaikan SPJ dana BOS dan melakukan koreksi-koreksi yang  diperlukan terkait dengan penyajian kas pada laporan keuangan.
Sejak tahun 2015, Pemda melalui Dinas Pendidikan menginstruksikan kepada sekolah-sekolah untuk mengisi format laporan yang disediakan oleh BPK di samping format laporan BOS yang sudah ada. Format laporan yang diminta BPK ini sesuai dengan Standar Akuntansi Pemerintahan (SAP) yang memilah aneka perincian kegiatan berdasarkan jenis belanja yang dilakukan, seperti belanja pegawai, beban persediaan, jasa, dan lain sebagainya. Pada tahun-tahun sebelumnya, rincian kegiatan dan jenis belanja dalam laporan BOS tak terlalu diperhatikan.Â
Besaran dana dan bukti transaksi yang digunakan juga tak terlalu diteliti lebih mendalam. Ketika sekolah-sekolah mulai memasukkan laporan keuangannya dalam format BPK, sering terjadi ketidaktepatan antara dana yang dikeluarkan dengan dana yang diterima. Padahal, jika terdapat sisa dana pada akhir tahun, maka pihak pengelola BOS harus mengembalikannya kepada negara. Tak hanya itu, dalam proses perjalanan untuk memulai kegiatan baru ini, banyak ditemukan penyimpangan administrasi berupa tidak validnya bukti pertanggungjawaban dari pihak sekolah.Â
Banyak transaksi yang berada di luar kewajaran, kurangnya bukti transaksi kuat seperti kuitansi, adanya transaksi ganda, tak ada foto dan rincian kegiatan sekolah yang memakan banyak dana, hingga temuan lain. Temuan-temuan ini menjadi bukti bahwa sebelum BPK melakukan pemeriksaan mendalam terhadap dana BOS, penyimpangan penggunaannya cukup besar.Â
Hal yang juga cukup mengkhawatirkan adalah ternyata ditemukan pula bahwa penggunaan dana BOS cukup menyimpang jauh dari program yang disusun sekolah dalam Rencana Kerja dan Anggaran Sekolah (RKAS). Padahal, RKAS ini menjadi alat vital bagi sekolah sebagai landasan operasionalnya.
Sejak pengawasan yang dilakukan BPK dan adanya tindak lanjut dari Pemerintah Daerah tentang transparansi dan akuntabilitas penggunaan dana BOS, telah terjadi kenaikan opini Laporan Keuangan Pemerintahan Daerah (LKPD). Meski pelaporan dana BOS bukan satu-satunya parameter yang menunjang keberhasilan tersebut, namun kegiatan ini juga cukup penting mengingat sekolah merupakan aset daerah.Â
 Dalam 5 tahun terakhir (2012-2016), LKPD yang memperoleh opini terbaik yakni Wajar Tanpa Pengecualian (WTP) naik sebesar 47 poin dari 23% pada tahun 2012 menjadi 70% pada 2016. Sementara itu, LKPD yang memperoleh opini terburuk yakni Tanpa Menyatakan Pendapat (TMP) turun sebesar 11 poin dari 15% pada 2012 menjadi 4% pada 2016. Kenaikan opini terbaik cukup besar terjadi pada tahun 2015 yang merata di seluruh tingkatan Pemda karena adanya usaha serius dalam menindaklanjuti temuan BPK.
![Perkembangan Opini LKPD 2012-2016 (Ikhtisar Hasil Pemeriksaan Semester I Tahun 2017)](https://assets.kompasiana.com/items/album/2018/04/06/perkembangan-opini-lkpd-tahin-2012-2016-5ac711f816835f3e856d5f02.png?t=o&v=555)
Kedua, adanya sistem monitoring secara berkala terhadap aset daerah yang dibeli dan digunakan oleh sekolah. Beberapa daerah juga mulai melakukan digitalisasi aset dalam bentuk aplikasi Simpanan Modal dan Belanja Daerah (SIMBADA). Bila pada tahun-tahun sebelumnya sekolah  tak melaporkan aset daerah yang didanai oleh dana BOS dalam SIMBADA, maka dalam 2 tahun terakhir ini sekolah wajib memasukkan aset-asetnya ke  dalam SIMBADA. BPK juga mulai mengembangkan aplikasi berbasis web yakni  Sistem Informasi Pemantauan Tindak Lanjut (SIPTL).
Dengan adanya SIMBADA dan SIPTL ini, maka BPK bersama Pemda dapat melakukan pengawasan harta kekayaan negara secara berkala sehingga jika ditemukan hal-hal yang melanggar peraturan perundang-undangan dapat segera ditindak. Ketiga, adanya kegiatan sosialisasi dalam proses perencanaan dan pelaporan dana BOS kepada pengelola BOS di sekolah. Â
Kegiatan ini dilakukan secara kontinyu dengan maksud melakukan tindakan pencegahan terhadap kegiatan yang menyimpang dari juknis BOS dan meminimalisir penyimpangan administrasi laporan. Kegiatan sosialisasi ini juga termasuk kegiatan asistensi yang memberikan kesempatan bagi tiap sekolah untuk bertanya lebih dalam terhadap laporan BOS yang disusun apakah telah sesuai juknis BOS terbaru.