Dengan banyaknya destinasi wisata di Kota Bogor, Kota Bogor memperoleh PADÂ (Pendapatan Asli Daerah) yang positif dan naik secara signifikan, dari mulai Pajak Hotel, Pajak Restoran, Pajak Hiburan, dsb. Terlepas dari banyaknya destinasi wisata di Kota Bogor, ternyata Kota Bogor juga mempunyai banyak permasalahan pada Sektor Ekonominya. Sektor Pariwisata yang banyak ternyata mempunyai dampak negatif yang banyak juga. Kota Bogor memiliki potensi besar di dalam sektor Pariwisatanya, sayangnya belum di kelola secara maksimal dan baik oleh pemerintah maupun sektor swasta, hal ini di sebabkan oleh banyaknya pelaku usaha wisata yang kurang mempersiapkan para pekerja dan karyawannya dalam menghadapi dunia kerjanya.
Bogor juga memiliki kepadatan penduduk yang relatif tinggi di pusat kota, kepadatan penduduk ini membuat banyak permasalahan sosial, seperti ketimpanagan sosial dan banyaknya kemiskinan, hal inilah yang menyebabkan permasalahan lain muncul.
Kepadatan Penduduk membuat kemacetan lalu lintas. Mungkin orang-orang yang tinggal di luar kawasan Jabodetabek sana mengira bahwa dengan adanya KRLÂ (Kereta Rel Listrik yang menghubungkan antara Kota Jakarta, Bogor, Depok, Tangerang, dan Bekasi) bisa mengurangi dan mengurai kemacetan lalu lintas diantara 5 kota tersebut, oooo kalian salah besar, pada kenyataannya hal tersebut hanya terjadi saat siang hari disaat semua orang lagi sibuk-sibuknya (biasanya orang yang naik KRL adalah orang yang sedang bekerja di daerah antar Jabodetabek), adanya KRL hanya untuk mengefisiensikan waktu berangkat sampai ke tempat tujuan, bayangkanlah oleh kalian jika Jabodetabek tidak punya KRL, beeehh semua orang yang kerja di anatar Jabodetabek bakal di PHK karena terlambat kerja. Kemacetan lalu lintas yang bisa di bilang cukup parah ini biasanya terjadi di jam-jam sibuk, seperti pagi hari dan sore hari. Banyaknya penduduk membuat jumlah kendaraan meningkat pesat dan juga mencemari udara karena polusi udara yang di hasilkan oleh kendaraan yang memakai bahan bakar bensin maupun diesel, sementara infrastruktur jalan tidak berkembang seiring banyaknya pengguna kendaraan. Kemacetan ini juga berdampak negatif pada sektor Ekonomi karena menghambat jalannya mobilitas barang dan jasa.Â
Kepadatan Penduduk yang relatif tinggi membuat para warganya atau pemerintah mengkonversi lahan, dari yang tadinya lahan pertanian di ubah menjadi lahan non pertanian, biasanya warga atau pemerintah menjadikan lahan tersebut menjadi kawasan pemukiman atau kawasan industri, hal ini menyebabkan berkurangnya luas lahan pertanian yang mengancam keberlangsungan lingkungan dan ketahanan pangan, juga mengurangi kualitas tanah dan meningkatkan resiko banjir.
Kepadatan Penduduk membuat Pembangunan Ekonomi yang tidak merata, hal ini memperburuk ketimpangan sosial yang ada diantara kota dan pinggiran kota dalam hal mendapatkan fasilitas yang layak dan peluang ekonomi yang besar. Daerah pinggiran kota sering kali mendapatkan fasilitas yang buruk, layanan yang kurang maksimal, dan kurangnnya infrastruktur yang baik.
Kepadatan Penduduk membuat Pengelolaan Sumber Daya Alam dan lingkungan yang kurang baik dan efisien. Pembangunan infrastruktur maupun pemukiman seringkali mengabaikan dampak kepada lingkungan, sebagai contoh di Kota Bogor penebangan pohon sudah tidak asing lagi, hal tersebut seringkali di lakukan untuk keperluan pribadi ataupun instansi, dampak yang biasanya akan muncul seperti rusaknya ekosistem, penurunan kualitas lingkungan, dan peningkatan resiko bencana alam.
Kepadatan Penduduk membuat Pengelolaan Sumber Daya Manusia yang kurang baik serta efisien. Meningkatnya jumlah penduduk akan mempengaruhi fasilitas-fasilitas umum, sebagai contoh merasa kurangnya sekolah, rumah sakit, dsb.Â
Kepadatan Penduduk juga akan meningkatkan jumlah pengangguran karena kurangnya lapangan pekerjaan. Di Kota Bogor sudah banyak sekali yang namanya pengangguran, pengemis, dan pengamen, awalnya angka kelahiran manusia yang meningkat, lalu tidak sekolah karena kurangnya fasilitas untuk sekolah atau keluarga tersebut mempunyai masalah finansial, kemudian meningkatlah jumlah pengangguran, dari mereka kebanyakan menjadi pengemis dan pengamen di pinggir jalan maupun di tempat-tempat umum lainnya, yang lebih parah lagi di Bogor banyak sekali bertebaran tukang parkir liar dan pa ogah (sebutan kita buat yang sering bantuin mobil nyebrang), waahh itu ngerugiin banget buat yang cuman singgah sebentar.
Tapi Pemerintah Daerah Kota Bogor tidak tinggal diam, mereka juga membantu untuk mengatasi hambatan permasalahan kemiskinan dalam bentuk keterlibatan pemerintah dalam pemberdayaan dan menyejahterakan ekonomi masyarakat di Kota Bogor, serta membuat kebijakan dan program penanganan kemiskinan oleh Pemerintah Daerah Kota Bogor dan Pemerintah Daerah Kabupaten Bogor. Pengangguran  di Indonesia  yang  telah  mencapai  puluhan  juta  orang merupakan suatu masalah yang mendesak dan harus segera dipecahkan karena dampak  pengangguran  itu  akan  sangat  berbahaya  bagi  tatanan kehidupan  sosial. Sebagai faktanya bahwa  berbagai  kejahatan sosial  seperti pencurian atau penodongan atau perampokan,  pelacuran,  jual  beli  anak,  anak jalanan, dan lain-lain merupakan dampak dari adanya pengangguran.Â