Meski dikabarkan tewas bunuh diri, tapi kematian itu menyimpan banyak misteri. Sehingga bermunculan teori-teori konspirasi seputar kematian sang legenda ini. Berikut beberapa teori konspirasi seputar kematian Cobain yang terus berkembang hingga saat ini.
 1. Surat wasiat yang Dipalsukan
Tulisan tangan dalam surat yang ditinggalkan oleh suami Courtney Love ini membuat para fans bingung. Karena dikatakan ada perubahan di sejumlah baris menjelang akhir surat yang diduga tidak sesuai tulisan tangannya.
Ada satu teori yang mengatakan bahwa Cobain menulisnya dengan tangan kiri dan menyelesaikannya dengan tangan kanan. Ada juga yang mengatakan bahwa ia dengan tulus menulis pesan kepada istrinya, tapi tiba-tiba di tengah penulisannya ia berubah pikiran. Sebab saat sebelum insiden itu terjadi, hubungan Cobain dan Courtney sedang tidak baik dan seharusnya mereka akan membahas mengenai perceraiannya dalam waktu dekat.
Sementara, ada teori yang bahkan mengatakan bahwa ada orang lain yang menyelesaikan surat tersebut setelah membunuh Cobain untuk memalsukan pembunuhan menjadi terlihat seperti bunuh diri biasa.
2. Pembunuh Menutupi Kejahatan dengan Heroin
Setelah otopsi yang dilakukan pada jasad Cobain, ditemukan heroin dalam dosis yang sangat tinggi. Sementara ahli patologi forensik mengatakan bahwa tidak mungkin orang itu bisa menyuntikkan dosis tinggi heroin ke darahnya lalu menggulung lengan bajunya, mengenyahkan perlengkapan narkoba itu mengambil senapan dan menembak dirinya sendiri. Dia pasti sudah tewas dalam beberapa detik.
Sehingga keterangan tersebut membuat beberapa orang beranggapan bahwa Cobain meninggal karena overdosis setelah ada orang lain menyuntiknya sebelum ia ditembak.
3. Cobain Masih Hidup
Teori terbaru yang muncul ke permukaan dan menjadi perbincangan para penggemar teori konspirasi adalah Cobain masih hidup dan kabarnya ia tinggal di Nice, Selatan Perancis.
Bermula dari seorang fans yang mengunggah sebuah foto orang yang mirip dengan Cobain ke Twitter, ia pun meyakini bahwa itu adalah vokalis Nirvana. Dalam foto tersebut tampak seorang pria yang mirip sekali dengan Cobain, memiliki rambut pirang sebahu dan janggut, mengenakan kacamata hitam berbingkai bulat, persis seperti yang sering digunakan oleh legenda bintang rock itu.
