Selain soal status permanen atau insidental, arbitrase institusional dengan ad-hocberbeda dalam hal prosedur. Ketika arbitrase dilakukan oleh lembaga seperti BANI, biasanya telah ada prosedur standar yang harus dilakukan. Namun, dalam arbitrase ad-hoc, tidak ada prosedur baku karena pihak yang terlibat memang tidak terikat pada organisasi yang memiliki standar operasional tertentu. Hal ini memungkinkan penyelesaian sengketa diselesaikan dengan cara yang paling diinginkan oleh pihak-pihak yang terlibat.
Pertanyaannya kemudian, bagaimana cara menentukan apakah arbitrase yang akan Anda lakukan adalah institusional atau ad-hoc?
Jawabannya sederhana, yaitu tergantung pada kesepakatan antara Anda dengan pihak lain. Kalau sudah ada kesepakatan, hasilnya bisa ditulis secara  jelas dalam klausul pactum de compromittendo. Namun, kalau belum ada klausul arbitrase yang ditulis sebelumnya, begitu sengketa muncul Anda dapat mengajukan permohonan kepada lembaga arbitrase saja---cara ini lebih sering dipilih. Alasannya, lembaga tersebut memang 'ahlinya' dalam menyelesaikan sengketa komersial.
Untuk mengikuti proses arbitrase, Anda juga perlu menunjuk pengacara arbitrase agar proses arbitrase dapat berjalan dengan baik.