Dalam perjalanan dakwahnya yang sangat luar biasa, beliau jatuh sakit selama beberapa tahun. Dokter mendiagnosisnya menderita kanker getah bening. Ikhtiarnya untuk sembuh dari penyakit yang dideritanya membawanya dirawat di Malaysia.Â
Selama Beliau sakit, wajahnya pun jarang terlihat di stasiun TV, hanya tausyiah yang disampaikannya di media sosial yang sering bisa dibaca oleh para jamaah dan penggemarnya.
Rabu, 22 Mei 2019 pukul 23.20 WIB, kabar duka itu datang. Ustaz Arifin Ilham, sang pendakwah yang kharismatik tersebut wafat, dipanggil untuk menghadap Sang Khaliq.Â
Hal tersebut adalah sebuah kehilangan yang sangat, karena bangsa Indonesia bahkan dunia masih memerlukan tausyiah-tausiyahnya yang lembut itu, namun Allah lebih sayang padanya. Jamaah harus merelakan kepergiannya menghadap Sang Maha Pencipta seraya mendoakannya. Indonesia berduka karena telah kehilangan salah satu aset  penting bagi bangsa ini. Belum ada da'i yang memiliki karakter yang yang relatif sama dengannya.
Di balik wafatnya ustaz Arifin Ilham, ada hal menarik atau pelajaran yang bisa diambil, yaitu almarhum semasa hidupnya telah menyiapkan kain kafan yang akan digunakan untuk membungkus jenazahnya dan liang lahat untuk menguburkannya. Beliau telah secara sadar menyiapkan diri jika ajal tiba.
Pesan yang dapat kita terima dari hal yang telah dilakukan oleh usatz Arifin Ilham adalah bahwa kehidupan di dunia adalah suatu hal yang fana dan sementara, suatu saat nyawa akan diambil oleh Sang Maha Pencipta.Â
Sebanyak apapun harta yang dimiliki oleh seorang manusia, dia hanya berbungkus kain kafan. Baju-baju yang harganya kadang mahal dan suka dijadikan koleksi itu akan ditinggalkannya. Seluas apaun tanah yang dimiliki oleh seorang manusia, hanya tanah yang berukuran 1,5 x 2 meter yang akan menjadi rumahnya setelah meninggal. Selain itu, hanya ada tiga hal yang akan menemani seorang manusia setelah meninggal di alam baqa, yaitu sodaqoh jariyah, ilmu yang bermanfaat, dan doa anak yang saleh.
Orang yang masih hidup tentunya cukup sering melihat ada orang yang meninggal. Ingat mati saat terdengar pengumuman dari pengeras suara bahwa ada seseorang yang meninggal. Setelah itu kadang lupa, terlena oleh kehidupan dunia yang kadang menipu. Kematian adalah sebuah misteri. Tidak tahu kapan dan dimana akan terjadi. Oleh karenanya, manusia diingatkan agar tidak lalai, walau sebagai makhluk yang lemah, manusia tidak lepas dari godaan setan. Dia sesekali khilaf dan berbuat dosa.
Orang yang baik pada hakikatnya bukanlah orang yang tidak pernah berbuat kesalahan, tetapi segera memperbaiki diri pascamelakukan kesalahan. Dan itu bukan hal yang mudah untuk melakukannya. Dia akan dihadapkan pada tantangan dan godaan. Diperlukan perjuangan serta keistikamahan dalam melakukannya. Melakukan kebaikan dihadapkan pada tantangan seperti malas dan sedangkan melakukan melakukan keburukan disertai semangat dan suka cita. Itu pada dasarnya adalah tipu daya setan terhadap manusia.
Wafatnya Ustaz Arifin Ilham semoga menjadi pelajaran bagi kita semua bahwa kita pun akan mengalaminya pada suatu saat. Kita tentunya berharap meninggal dalam keadaan khusnul khatimah dan membawa banyak amal kebaikan.
 Waktu dan umur yang masih tersedia perlu digunakan untuk sebaik-baiknya untuk melakukan berbagai amal kebaikan sebagai bekal untuk kehidupan di akhirat. Sekecil apapun perbuatan manusia di muka bumi, akan diminta pertangungjawabannya di akhirat kelak.