Permasalahannya adalah:
Apakah paradigma seperti disebutkan di atas berkembang pula dalam pemikiran politik Islam di Indonesia? Jika mengamati pandangan para pakar politik Islam di Indonesia, maka paradigma hubungan antara agama dan negara di Indonesia cenderung berkembang di antara pemikiran formalistik dan substantivistik.8 Kelompok formalisme keagamaan cenderung melakukan politisasi agama, sedangkan kelompok substantivisme keagamaan cenderung melaksanakan substansi agama ke dalam proses politik.
Pergulatan pemikiran politik Islam di atas nampak terutama setelah berakhirnya pemerintahan Demokrasi Terpimpin (pemerintahan yang dipandang oleh kaum muslimin Indonesia lebih dekat dengan Partai Komunis Indonesia), yaitu pada pemerintahan Orde Baru. Munculnya Orde Baru dianggap sebagai kemenangan umat Islam karena mereka ikut andil dalam pembentukannya.
Namun, karena pemerintah Orde Baru lebih berorientasi pada pembangunan ekonomi, maka demi terjaminnya stabilitas sosial rezim ini, pemerintah mengotrol partai politik dengan mencampuri urusan intern partai dan melakukan penyegaran ideologi, puncaknya pada pemberlakuan asas tunggal (Pancasila) terhadap semua partai politik dan organisasi kemasyarakatan. Berkaitan dengan paparan di muka, maka pembahasan pemikiran politik Islam di Indonesia dalam tulisan ini diarahkan pada pemikiran politik Islam pra, masa, dan pasca Orde Baru.
