Seperti nasib penciptanya Muhammad Arief, setelah peristiwa G30S/PKI, Arief menghilang dan di penjarakan. Arief sempat bercerita kepada keluarganya bahwa dia di tahan di Kalibaru, kemudian malang dan terakhir di Lowokwaru sebelum akhirnya hilang tanpa kabar hingga saat ini. Bukan hanya sang pencipta lagu yang menderita, keluarganya pun menerima cap sebagai simpatisan PKI, rumah mereka dihancurkan oleh massa dan stigma PKI hingga berpuluh-puluh tahun.
Membunuh menjadi sangat mudah pada masa peristiwa G30S/PKI ini, banyak sekali korban yang nyatanya mereka tidak tahu menahu mengenai pemberontakan ini, yang bahkan hingga saat ini masih menjadi misteri dan terus diperdebatkan.
Lagu Genjer-Genjer hanya ingin menjadikan sebuah bukti sejarah mengenai penderitaan rakyat Indonesia akan kejamnya masa kolonial Jepang, menjadi sebuah lagu akan gambaran bagaimana perjuangan kemerdekaan harus ditebus dengan banyak penderitaan, lagu yang menggambarkan betapa kelaparan saat itu menjadi hal yang biasa.
Sejak tahun 1998 lagu Genjer-Genjer tidak lagi menjadi lagu terlarang dan beberapa penyanyi menyanyikan lagu ini seperti band rock Amerika Dengue Fever merekam versi Genjer-genjer pada tahun 2016 meskipun menggunakan bahasa Khmer. Selain itu pemusik Indonesia yang menetap di Jerman, Tomi Simatupang sering mengadakan pertunjukan musik di Berlin dan Hamburg sering menyanyikan lagu Genjer-Genjer ini dan mengusung tema Genjermania.
Lagu Genjer-Genjer akan menjadi saksi bisu sejarah Indonesia, sejarah yang berpihak kepada si baik atau si jahat dan menjadi sebuah bukti sejarah kita. Sebagai lagu perjuangan rakyat Indonesia semestinya kita menjaga dan melestarikan hasil kebudayaan masyarakat Indonesia terlepas dari kaitanya dengan sistem perpolitikan Indonesia.
Sama halnya dengan lagu Donna-Donna yang menceritakan keadaan para Yahudi di masa Fasisme NAZI, dan lagu Bella Ciao yang menggambarkan semangat pejuang melawan Fasisme Mussolinni, Genjer-Genjer pun menjelma menajadi sebuah lagu pergerakan perlawanan akan kekejaman kolonial jepang.
