Koleksi Emas
Saya termasuk salah seorang yang beruntung karena saat mempersiapkan tulisan  berupa katalog dan buku mengenai koleksi unggulan Museum Sonobudoyo, sempat beberapa kali menyaksikan dengan mata kepala sendiri puluhan benda koleksi emas Museum Sonobudoyo pada tahun 2007 dan  2009.
Koleksi tersebut diletakkan di ruang khusus (Ruang Emas) dengan pengamanan ketat: pintu besi dua lapis, kamera CCTV dan tidak sembarang orang boleh masuk.
Topeng Emas Nayan (ditemukan di wilayah Nayan, Yogyakarta) merupakan salah satu koleksi kebanggaan Museum Sonobudoyo, di samping beberapa koleksi emas lainnya seperti sirkam, cincin stempel, tangkai senjata, gelang, kalung, dan benda lainnya.
Sebagai bekal kubur, topeng emas selain sebagai simbol perubahan identitas dari manusia biasa menjadi roh yang dipuja, juga sebagai lambang keabadian, dipercaya tetap hidup bersama masyarakat yang ditinggalkan. Â
Koleksi emas, umumnya merupakan peninggalan zaman Mataram Kuno dan Majapahit berbahan emas,  termasuk  Topeng Emas Nayan, mahakarya topeng emas dengan bentuk utuh dan satu-satunya yang dimiliki museum di Indonesia.
Di samping topeng, terdapat koleksi emas lainnya berupa cincin stempel tipe Dieng berbentuk oval dengan hiasan huruf Pranegari. Di samping itu ada dua benda emas lainnya berupa sirkam dan kalung.Â
Cerita mengenai kilau koleksi emas Museum Sonobudoto kini tinggal kenangan setelah terjadinya kasus pencurian di Ruang Emas pada bulan Agustus 2010. Koleksi yang raib mencapai puluhan  benda koleksi, umumnya merupakan peninggalan berbahan emas,  termasuk sasaran utamanya  Topeng Emas Nayan, mahakarya topeng emas dengan bentuk utuh dan  satu-satunya yang dimiliki museum di Indonesia.
Koleksi Unggulan Lainnya
Jika berkesempatan berkunjung ke Museum Sonobudoyo di Jalan Trikora, Yogyakarta, ada baiknya mencermati benda koleksi berupa Genta Kalasan, Patung Kepala Dewa, Zodiak Beker, Pasren, dan Wayang Beber.