Bila mendaftarkan semua masalah ketika Jemaat lokal ini dipimpin oleh Pdt. Theofilus Ora, rasanya masih ada sejumlah besar di dalamnya. Anggota majelis jemaat silih berganti dari periode ke periode, sementara Ketua Majelis Jemaat masih orang yang sama, bahkan sempat mendapat peluang untuk menjadi Wakil Ketua Badan Pekerja Klasis.
Ketika Pdt. Theofilis Ora memasuki masa pensiun, ia meninggalkan satu masalah yang secara kasat mata terlihat yakni, pembangunan rumah ibadah yang belum mencapai akhir. Pembangunan rumah ibadah baru di dalam kompleks Pastorian Koro'oto dimulai pada tahun 1992. Pada tahun 1998, bagian terbesar dari rumah ibadah telah diselesaikan mulai dari fondasi, tembok, rangka atap dan atap. Selanjutnya yang masih harus diselesaikan yakni, plafon, plesteran, dan lantai serta polesan akhir.
Hal ini ditinggalkan kepada majelis jemaat berikutnya dengan masalah, tantangan dan peluang baru bagi mereka seturut perkembangan zaman.Â
Pdt. Theofilus Ora memasuki masa pensiun. Ia masih sempat kembali ke dalam barisan majelis jemaat sebagai anggota Badan Pertimbangan, Pengawasan Pelayanan Jemaat (BP3J) untuk satu periode pelayanan, namun tidak sempat menyelesaikannya. Ia mangkat dalam tugas dan fungsi yang tak terhapuskan sebagai seorang pendeta (emiritus).
Masa Kepemimpinan Pdt Jesmarlianus Riwu Djonaga, M.Th
Tahun 2002 Pdt. Jesmarlianus Riwu Djonaga diutus oleh Majelis Sinode GMIT ke Koro'oto. Koro'oto menyambutnya dengan sukacita. Kira-kira pada waktu itu para muda bersemangat, oleh karena MS GMIT mengutus seorang pemuda. Sang pendeta melihat secara kasat mata kotak masalah utama yang telah dilihat dan diketahui sebelumnya, yakni rumah ibadah yang belum mencapai ketuntasannya.Â
Sebagai seorang muda, ia bergerak tidak gegabah memulai hal baru. Ia melakukan kajian-kajian untuk mengetahui akar permasalahan dari apa yang terlihat di depan mata. Keputusan diambil melalui rapat Majelis Jemaat, di antaranya:
- membubarkan Panitia Pembangunan. Selanjutnya tugas itu diambil alih oleh Majelis Jemaat, diikuti dengan percepatan pembangunan dengan target pentahbisan dan pengresmian rumah ibadah yang dibangun pada tahun 1992. Rumah ibadah pun diresmikan pada tahun 2005, Â di mana Gubernur NTT, Piet A. Tallo, S.H tidak menghadirinya. Prasasti ditandatangani hanya oleh Ketua MS GMIT, Pdt. Dr. Ayub Ranoh
- penataan kompleks Pastorian Koro'oto untuk menatap masa depan. Visi besarnya kompleks harus menjadi area yang hidup dan menginspirasi.
- pembangunan rumah ibadah mata jemaat Ebenhaezer Naimuti. Jemaat Ebenhaezer Naimuti dan Jemaat Pniel Koro'oto berada dalam satu Jemaat Wilayah Tefneno. Rumah ibadah yang sudah ada akan direnovasi. Inspirasi dan motivasi diinjeksikan kepada Jemaat Ebenhaezer Naimuti. Berbekar ayam dari tiap kepala keluarga, ia sukses membangun rumah ibadah Ebenhaezer Naimuti.
- Sinergisitas dengan NGO Yayasan Compassion Indonesia. Sinergi pelayanan ini melahirkan organ baru di dalam Jemaat Wilayah Tefneno Koro'oto yakni: Pusat Pengembangan Anak IO-600 Manekat.
- Indikasi perpindahan anggota jemaat ke denominasi lain yang nyaris memicu dan mengganggu keharmonisan hubuingan antar denominasi di dalam desa Nekmese
- kesadaran meraih pendidikan tinggi terbilang rencah pada anggota jemaat atas alasan ekonomi lemah
- perladangan berpindah yang diikuti dengan bencana longsor
- napak tilas, untuk mengenang upaya membawa Injil ke dalam masyarakat Koro'oto pada masa lampau.Â
- membuka jalan ke kampung-kampung yang ditinggalkan akibat pembentukan desa gaya baru. Jalan dapat dilewati kendaraan roda dua dan empat
- pentahbisan sejumlah pendeta GMIT, MS GMIT menunjuk  Jemaat Koro'oto sebagai tuan/puan rumah. Peristiwa penting ini terjadi pada tahun 2008
- Aset GMIT di Koro'oto berupa tanah di pusat desa, yakni: lokasi SD GMIT Koro'oto dan tanah lapang. Tanah lapang atau lapangan dianggap milik bersama antara Pemerintah desa Nekmese dan Gereja
- Pembagian lokasi SD GMIT Koro'oto untuk pembuatan sertifikat pada tahun 2002
 Masa Kepemimpinan Pdt. Nivlen Marhaelnis
Pada awalnya, ketika Pdt. Nivlen Marhaelnis tiba, ia tinggal bersama dengan Jemaat Ebenhaezer Naimuti selama satu tahun. Hal ini dimaksudkan untuk menyiapkan Jemaat Ebenhaezer Naimuti menuju pemandirian. Setahun berikutnya, Sang Pendeta pindah tempat tinggal, menempati pastori di Pastorian Koro'oto.
Ketika Pdt Nivlen Marhaelnis tiba, ia mendapati satu titik berangkat permasalahan yang menjadi tantangan baginya yakni, membangun bangunan sayap utara dari Gedung Gereja Jemaat Pniel Koro'oto. Peletakan batu pertama dilakukannya bersama para orang tua asuh dari anak-anak yang tergabung di dalam Pusat Pengembangan Anak IO-600 Manekat.
