Dalam pertentangan politik selanjutnya, dianggap lebih serius lagi yaitu dengan dikeluarkannya Maklumat Wakil Presiden 1 November 1945 yang diklaim sebagai manifesto politik Drs. Moh. Hatta.
Haluan politik pemerintah Indonesia yang tertuang dalam manifesto tersebut lebih menggambarkan sikap Drs. Moh. Hatta yang liberal dan akan mengembalikan perusahaan-perusahaan swasta yang dinasionalisasikan oleh Ir. Soekarno. Keluarnya Maklumat Wakil Presiden tanggal 3 November 1945 semakin menujukkan bahwa dasar pemikiran Drs. Moh. Hatta secara tegas akan menguatkan demokrasi parlementer karena isi dari maklumat tersebut berisi mengenai pembentukan partai partai sebagai wadah aspirasi bagi masyarakat Indonesia.
Drs. Moh. Hatta berpendapat adalah sangat tepat untuk menggalakkan sistem mayoritas yang mengarah kepada sistem Voting (penghitungan suara). Masyarakat demokratis seperti di Indonesia, mentalitas orangnya berlainan dengan masyarakat individualistis, sebab dalam segala tindakan dan persyaratan pendapatnya akan digunakan oleh kepentingan umum.
Di mana dalam suatu masyarakat tetap mempunya cita-cita dan pemikiran untuk mencapai keselamatan umum Azas kerakyatan mengandung arti bahwa kedaulatan berada di tangan rakyat sehingga semua hukum harus bersandar pada keadilan dan kebenaran hidup dalam hati rakyat banyak. Dengan kata lain semua perekonomian negeri harus diputuskn oleh rakyat dengan musyawarah. Drs. Moh. Hatta berpendapat demokrasi yang ada di Indonesia digolongkan menjadi 3 (tiga) sendi yaitu :
(1) Cita - cita rapat, yang menekankan adanya musyawarah untuk mufakat. (2) Cita - cita protes massa, yaitu hak rakyat untuk membantah dengan cara umum segala peraturan negeri yang dipandang tidak adil.  (3) Cita-cita tolong-menolong, bahwa dalam hati sanubari rakyat Indonesia penuh dengan rasa Kebersamaan, kolektivitas  sehingga persekutuan asli di Indonesia memakai azas kolektivisme, tetapi bukan kolektifisme yang berdasarkan sentrallisasi (satu pimpinan di atas) melainkan desentralisasi yaitu tiap - tiap bagian berhak menentukan nasibnya sendiri. (Noer 1990 : 494).
Pada kurun waktu 1950 - 1959 merupakan masa dimana Ir. Soekarno dan Drs. Moh. Hatta sering mengalami benturan politik yang tidak bisa dielakan oleh keduanya. Ir. Soekarno mulai frustasi terhadap Drs. Moh.Hatta yang terus-menerus merongrong kekuasaannya, penempatan dirinya hanya sebagai simbol "can do no wrong" ternyata tidak membuatnya puas.
Tugas yang dibebankan kepada Ir. Soekarno sebagai presiden nyaris tidak ada, hampir seluruhnya dikerjakan oleh Drs. Moh. Hatta sebagai Perdana Menteri maupun sebagai Wakil Presiden. Negara Kesatuan Republik Indonesia (NKRI) lahir ditandi dengan diberlakukannya Undang-Undang Dasar Sementara (UUDS) 1950 setelah masamasa sulit menentukan kearah mana negara ini mau dibawa terpecahkan. Pertentangan antara Drs. Moh. Hatta dengn Ir. Soekarno kali ini berlanjut dalam memandang permaslahan Irian Barat.
Sesuai dengan kesepakan Konferensi Meja Bundar (KMB) dimana dihasilkan suatu keputusan untuk menunda masalah Irian Barat 1 (satu) Â tahun kemudian. KMB merupakan perundingan yang sangat monumental bagi Drs.Moh.Hatta dimana hasilnya lebih menguntungkan dibandingkan dengan perundingan-perundingan sebelumnya, walaupun demikian Soekarno tidak merasa puas karena wilayah Irian Barat masih belum berada di pangkuan Ibu Pertiwi.
Cita-cita (ambisi) Ir. Soekarno yang menginginkan NKRI berwilayah dari Sabang sampai Merauke. Moh. Natsir sebagai Perdana Menteri pertama dalam masa ini lebih condong ke Drs. Moh. Hatta dari pada ke Ir. Soekarno. Moh. Natsir merupakan kawan Moh. Hatta selama masih di Eropa sehingga pemikirannya sama-sama liberal dengan Moh. Hatta.
Keduanya memandang bahwa masalah Irian Barat hanya dilakukan melalui perundinganperundingan saja, sedangkan Ir. Soekarno lebih radikal dengan mengupayakan segala cara termasuk perjuangan fisik untuk merebut wilayah Irian Barat dari  pemerintahan Belanda. Akibatnya, umur kabinet Natsir pun tak lama hanya 6 bulan kabinet ini jatuh karena parlemen melakukan mosi tidak percaya terhadap kabinet. Pada tangal 21 Maret 1951 secara resmi kabinet lengser dari pemerintahan dan mengembalikan mandatnya (Rose 1991:301-305).
Pasca lengsernya kabinet Natsir, Ir. Soekarno menunjuk Sukiman untuk menjadi perdana menteri selanjutnya. Kabinet inipun tidak berlangsung lama karena skandal Mutual Security Act (MSA). Kebijakan yang diambil kabinet ini adalah mendekatkan diri dengan Amerika Serikat untuk memberikan bantuan keamanan yang menyangkut kepentingan Amerika Serikat di Asia. Akibatnya, banyak tentangan dilakukan oleh partai Masyumi (faksi Natsir) dan PSI - Sjahrir.
