FDR mulai menghimpun kekuatan tentara dan milisi yang menentang Program Rera Hatta. Seperti dari Divisi Penembahan Senopati, TNI-Masyarakat, Pemuda Sosialis, Pesindo, SOBSI, dan elemen dari Partai Komunis Indonesia (PKI). Puncaknya adalah mobilisasi kekuatan dalam melakukan aksi pemogokan di Delanggu pada 23 Juni 1948.
Juli 1948
Mulai terjadi ketegangan antara pasukan Republik dengan FDR di Surakarta. Posisi saling intimidasi, ancam, bahkan penculikan telah marak antar pasukan. Ditambah dengan hadirnya Divisi Siliwangi ke berbagai kota di Jawa Tengah, yang "hijrah" dari Jawa Barat usai Perundingan Renville diberlakukan.
Agustus 1948
Musso kembali ke Indonesia, usai pelariannya dari luar negeri. Dengan gagasan membentuk "Jalan Baru" sebagai upaya sikap oposisi terhadap pemerintah. Kehadiran Musso, membuat para pimpinan dari milisi sosialis/komunis bersatu. Termasuk Amir Syarifuddin dengan FDR-nya. Serta merta, Musso pun didapuk menjadi pempinan PKI bersama FDR sebagai basis kekuatan bersenjata.
September 1948
Konflik yang terjadi di Surakarta akhirnya menimbulkan "perang saudara". Aksi saling culik dan serang antar pasukan dan milisi bersenjata terjadi dimana-mana. Khususnya antara pasukan Republik dengan pasukan oposisi. Hingga membuat Kolonel Gatot Soebroto mengeluarkan perintah harian, untuk menindak tegas para pengacau di Surakarta.
Huru-hara di Surakarta membuat pasukan FDR/PKI memilih untuk memusatkan kekuatan di Madiun. Pemerintahan Soviet Madiun pun dideklarasikan pada 18 September 1948. Selama pendudukan Madiun, terjadi pembantaian terhadap lawan politik FDR/FDR. Seperti terhadap para santri dan kaum nasionalis di Magetan.
Rata-rata para korban kebiadaban FDR/PKI ditemukan dalam sumur-sumur tua. Bahkan ada yang diketemukan pada sebuah gudang di Pabrik Gula Gorang-Gareng. Dikishkan pula bahwa Gubernur pertama Jawa Timur R.M. Soerjo juga menjadi korban pada peristiwa di Madiun. Hingga membuat Jenderal Soedirman bergidik ketika melihat pembantaian disana.
Oktober 1948
Aksi FDR/PKI pun akhirnya ditumpas dengan tegas oleh pemerintah. Khususnya terhadap para pemimpin pemberontakan, seperti Musso yang ditembak mati, dan Amir Syarifuddin dengan vonis hukuman mati usai tertangkap. Sisanya, "diberitakan" melarikan diri ke luar negeri seperti D.N. Aidit dan Lukman. Sedangkan Soemarsono dan Nyoto, memilih melarikan diri ke wilayah Belanda.
