Antonie C.A. Dake dalam Sukarno File mengasumsikan bahwa apa yang terjadi pada 30 September 1965 merupakan sikap tegas Soekarno dalam usahanya "menyingkirkan" para oposisi dari lingkungan TNI. Hal ini didukung oleh kedatangan Soekarno di Halim beberapa waktu sebelum peristiwa itu terjadi.
Sumber lain pun memberitakan bahwa ada upaya Soekarno untuk pergi ke luar negeri karena ia mengetahui akan terjadi peristiwa besar. Pendapat ini dikemukakan oleh Shri Biju Patniak, seorang pilot berkebangsaan India yang diminta oleh Soekarno untuk mempersiapkan pesawat menjelang 30 September 1965.
Walaupun pendapat Dake ini telah disangkal oleh keluarga besar Soekarno, yang menjelaskan bahwa Soekarno justru mengutuk terjadinya peristiwa berdarah tersebut. Terlebih usai terjadinya peristiwa tersebut, berbagai aksi kekerasan yang tampak di berbagai daerah justru menjadi kegusaran tersendiri terhadap Soekarno, dengan membentuk tim penyelidik.
Nah, sekiranya sangat tidak mungkin bila Presiden Soekarno melakukan cara seperti yang dituduhkan oleh Dake. Sebagai seorang tokoh yang besar di era perjuangan, aksi-aksi kekerasan tampaknya tidak pernah menjadi opsi utama dari Soekarno. Seperti pada masa diplomasi sambil bertempur, yang mengisyaratkan diplomasi harga mati, demi mengurangi jumlah korban akibat perang.
4. Konspirasi CIA
Bila kita melihat teori ini, maka yang sekiranya dapat dikaitkan adalah seputar masa Perang Dingin. Antara Blok Barat (Amerika beserta sekutunya), melawan Blok Timur (Soviet beserta sekutunya). Konflik ideologi yang berkembang antara kapitalisme vs komunis adalah persoalan pengaruh ideologi di kawasan Asia Tenggara.
Amerika tentu saja tidak ingin Indonesia tergabung dalam poros negara-negara komunis, karena fakta kebijakan poros Jakarta-Peking telah membuat konstelasi politik menjadi semakin memanas. Maka, CIA dianggap bersekutu dengan para petinggi TNI yang "dianggap" sebagai barisan oposisi Soekarno untuk melakukan suatu tindakan.
Tetapi tindakan yang dimaksud itu sama sekali tidak terbukti, lantaran para petinggi TNI tidak terbukti mengadakan pemberontakan terhadap kepemimpinan Presiden. Teori ini sebetulnya berangkat dari isu yang dikemukakan oleh Dr. Soebandrio, dalam dokumen Gilchrist. Dimana asing (Amerika-CIA) dianggap terlibat dalam upaya penggulingan kekuasaan Presiden Soekarno kala itu.
5. Ulah PKI untuk merebut kekuasaan
Teori yang terakhir ini berangkat dari kisah yang disusun pasca peristiwa 30 September 1965. Tentu saja dapat dikaitkan dengan pemerintahan yang ada kala itu, yakni masa Orde Baru. Maka bila tendensi perihal PKI dalam tahap skenario maupun rencana kudetanya dapat diambil sebagai analisis, tentu jawabannya adalah terlibat.
Terlibat dalam hal ini dapat dialamatkan kepada para petinggi PKI yang mengetahui bahwa sakitnya Soekarno membahayakan posisinya dalam panggung politik. Jika sewktu-waktu Soekarno wafat, maka PKI tentu tidak ada yang melindungi. Seperti pengakuan dari Syam Kamaruzzaman dalam sebuah sidang pasca peristiwa berdarah tersebut.
