Usai kekalahan di Surakarta pada 17 September 1948, para pasukan FDR/PKI melakukan aksi undur diri menuju ke Madiun. Mereka memilih memperkuat Madiun karena banyak pasukan pendukung yang sudah "menguasai" kota tersebut sejak awal bulan September. Berikut dengan pasukan dari divisi Panembahan Senopati dan pasukan dari laskar Pesindo.
Unsur-unsur komunis sudah beberapa kali menimbulkan gejolak sosial di Madiun dan wilayah sekitarnya. Terutama di Magetan, yang menjadi area "pembantaian" terhadap orang-orang yang pro Pemerintah. Selain itu pula terhadap para ulama dan santri, yang kerap mendapatkan aksi-aksi kekerasan dari pihak komunis.
Bukan sekedar aksi kekerasan melainkan sudah sampai tahap "pembersihan", atau target pembunuhan. Hal itu dilakukan oleh FDR/PKI lantaran perbedaan ideologi yang menjadi simbol perlawanan dari kaum santri. Sebenarnya sejak tanggal 16 September desa-desa di sekitar Madiun telah "diambil alih" oleh kelompok komunis, seperti ungkap Soe Hok Gie.
Walaupun suasana kota Surakarta dapat dikatakan belum sepenuhnya pulih. Mereka (komunis) seolah tengah membuka front baru untuk menghadapi pasukan Pemerintah. Seluruh perangkat desa di Madiun pun telah diganti oleh orang-orang yang pro komunis. Tentunya dengan cara kekerasan hingga pembunuhan. Terlebih kepada aparat yang dianggap anti komunis, auto di dor!
Bahkan Soe Hok Gie menjelaskan "pembersihan" yang dilakukan oleh kaum komunis telah melampaui batas kemanusiaan, dan menimbulkan reaksi yang menjijikkan. Hal ini terbukti dengan adanya peristiwa Takeran di Magetan.
Mungkin kita lupa dengan adanya peristiwa yang memakan ratusan korban masyarakat yang tidak bersalah. Apalagi mereka "dihabisi" atas dasar perbedaan pandangan politik dan ideologi. Tepatnya di hari Jumat, tanggal 17 September 1948, para pemuka agama dan alim ulama ditangkapi dengan maksud dihabisi.
Mereka diantaranya ada adalah Kyai Imam Mursyid, Kyai Moh Noor, Kyai Nurun dan lain-lain dari Pondok Pesantren Takeran, serta beberapa pemuka agama dari Pesantren Burikan. Begitupula para Kyai dari Pesantren Sewulan, Selo Puro dan Mojopurno di Madiun, tak luput dari aksi "pembersihan" dan pembunuhan.
Beberapa diantaranya ditarik paksa keluar pondok dengan cara diseret dengan kendaraan. Diantara para pimpinan PKI yang terlibat langsung pada peristiwa tersebut adalah Soemarsono, yang merupakan "tangan kanan" Musso. Bersama Musso, ia mengendalikan seluruh kekuatan bersenjata FDR/Pesindo/PKI dari Pabrik Gula Rejoagung, Madiun.
Banjir darah tidak dapat dielakkan di kalangan masyarakat. Usaha mempertahankan Madiun oleh unsur-unsur Republik juga menemui kegagalan. Terhitung ada sekitar tujuh lubang pembantaian yang tersebar di Madiun dan sekitarnya. Rata-rata korban ditimbun menjadi satu dalam sebuah sumur tua. Dengan ragam luka bekas penyiksaan selama proses "pembersihan" tersebut.
