Tumbangnya Pemerintah Orde Baru yang dipimpin oleh almarhum Soeharto dilakukan oleh aktivis di tahun 1998 dengan adanya dugaan kasus Korupsi, Kolusi dan Nepotisme (KKN). Setahun sebelumnya, tepatnya tanggal 27 Juli, partai PDI terbagi menjadi dua kubu antara Megawati dengan Suryadi.
Kubu Suryadi saat itu merebut kantor pusat PDI yang dikuasai oleh kubu Megawati. Akibat dari terbaginya dua kubu ini, situasi politik yang tidak kondusif berhasil dimanfaatkan oleh sekelompok masyarakat untuk menggulingkan Soeharto. Mimpi buruk di tahun 1998 terjadi. Krisis mengenai KKN rupanya dilakukan keluarga Soeharto beserta kroni-kroninya.
Rasa marah sekaligus semangat dari rakyat menyatu. Membuat mereka membantu para aktivis untuk menggulingkan Soeharto dari kursi presiden dengan melakukan kerusuhan dan penjarahan besar-besaran. Belum lagi di tahun 1998 sedang terjadi krisis finansial di asia secara menyeluruh. Artinya bukan karena kasus korupsi Indonesia menjadi krisis moneter.
Dari kerusuhan ini banyak menelan korban jiwa mulai dari rakyat biasa hingga kalangan mahasiswa. Pada akhirnya, Soeharto memilih menyerahkan jabatannya kepada BJ Habibie yang saat itu menjabat sebagai wakil presiden untuk meneruskan tugasnya dan mempersiapkan Pemilihan Umum secepatnya sesuai tuntutan mahasiswa dan rakyat.
Agenda Reformasi, dimulai!
Setelah lengsernya Soeharto sebagai presiden, pada tanggal 7 Juni 1999 akhirnya Indonesia melaksanakan Pemilihan Umum untuk memilih DPR, DPRD Provinsi, kabupaten/kota, serta pemerintahan yang baru pula. Hal ini bertujuan untuk menciptakan perubahan yang fundamental terhadap perekonomian rakyat secara luas sekaligus menciptakan iklim politik yang sejuk.
Berdasarkan sidang MPR tentang pemilihan presiden di tahun 1999 , nama Abdul Rahman Wahid yang dikenal dengan panggilan Gus Dur terpilih menjadi Presiden dan Megawati Soekarnoputri sebagai Wakil Presiden.
Tanggal 14-21 Oktober 1999 Majelis Permusyawaratan Rakyat (MPR) melakukan amandemen pertama terhadap UUD 1945. Sayangnya, saat pemerintahan Gus Dur berjalan, dari pihak elite partai maupun politikus memaksa Gus Dur untuk turun dari jabatannya tanpa sebab pasti. Bahkan beredar kabar bahwa Gus Dur terlibat dalam korupsi Brunei dan Bulog yang mengakibatkan di tahun 2001 dirinya mundur.
Megawati Soekarnoputri akhirnya menggantikan posisi Gus Dur untuk meneruskan jalannya roda pemerintahan, yang didampingi Hamzah Haz sebagai Wakil Presiden. Demi menciptakan pemerintahan bebas dari KKN, Presiden Megawati akhirnya membentuk Lembaga Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK) yang bertujuan meningkatkan daya guna dan hasil guna terhadap upaya pemberantasan tindak pidana korupsi. Lembaga tersebut bersifat independen dan bebas dari pengaruh kekuasaan manapun dalam menjalankan wewenang serta tugasnya.
Selain KPK, di masa kepemimpinan Presiden Megawati diberlakukan Undang-Undang Nomor 22 Tahun 1999 tentang Pemerintahan Daerah yang lalu digantikan dengan Undang-Undang Nomor 32 Tahun 2004 tentang Pemerintahan Daerah. Hal ini menjadi kesempatan bagi pemerintah daerah untuk membuktikan kemampuannya dalam melaksanakan kewenangan yang menjadi hak daerah.
Maju ke tahun 2004 dimana pemenang Pilpres periode tahun 2004-2009 yaitu Susilo Bambang Yudhoyono (SBY) sebagai presiden, dan Jusuf Kalla sebagai wakil presiden.
