Dengan kondisi itu Freeport hampir putus harapan. Apalagi pada 1963 hampir semua perusahaan asing diusir oleh Soekarno dari Indonesia.
Freeport tidak berhenti, mereka terus melakukan upaya lobby politik bahkan lewat kepala pemerintahan mereka sendiri yaitu Presiden J.F. Kennedy. Sayangnya Kennedy yang berkawan akrab dengan Soekarno menolak mentah-mentah upaya itu.Â
Dewi fortuna tampaknya berpihak pada Freeport, diawali ketika Presiden Kennedy tewas ditembak pada Nopember 1963. Pergantian kekuasaan setelah Kennedy tewas ini membalikkan kebijakan politik Amerika terhadap Indonesia yang mulai mengurangi bantuan ekonominya, kecuali bantuan militer. Freeport semakin merasa di atas angin, lobby-lobby dan gerakan-gerakan tingkat tinggi terus dijalankan.
Kekuasaan Soekarno akhirnya mulai mengalami riak-riak halus, membesar, lalu goyah, yang kemudian diakumulasi oleh pemberontakan ketiga PKI pada tahun 1965 sebagai pemicu jatuhnya Soekarno.Â
Dua ilmuwan politik dan  peneliti asal Cornell University, Ben Anderson dan Ruth McVey, dalam buku A Preliminary Analysis of the October 1, 1965, Coup in Indonesia justru menemukan bahwa PKI tidak punya andil dalam G30S. Menurut keduanya, G30S merupakan puncak dari konflik internal yang terjadi di Angkatan Darat waktu itu.Â
Dalam buku lain; Indonesia 1965: The Role of the US Embassy, David T. Johnson mangungkap bahwa Amerika Serikat, melalui Central Intelligence Agency (CIA), lah yang terlibat dalam Peristiwa G30S sehingga Angkatan Darat terpecah 2 menjadi loyalis dan kontra Soekarno. Akibat peristiwa G30S inilah, mengorbit pahlawan dan bintang baru, yaitu Soeharto yang tidak masuk sebagai target penculikan dan genosida terhadap tokoh-tokoh militer pendukung dan loyalis Soekarno pada saat itu.Â
Banyak kalangan berspekulasi mulai tewasnya Kennedy sampai jatuhnya Soekarno adalah hasil dari sebuah konspirasi besar globalis yang tertata rapi urutannya, dalam rangka menjaga hegemoni kekuasaan di Amerika Serikat, melalui campur tangan CIA. Bisnis Amerika sangat berkepentingan menjaga agar Indonesia tidak berhaluan kiri karena lebih condong ke China dan Soviet, persis traumatis mereka sewaktu kejadian di Kuba saat berhadapan dengan Fidel Castro yang berhaluan kiri.
Dinamika politik di Indonesia terus bergulir pasca peristiwa 30 September, Freeport semakin bersemangat mendorong dan melakukan lobby dengan pemerintahan baru Indonesia.Â
Tidak menunggu lama, hanya 1 bulan setelah pelantikan Soeharto menjadi presiden pada 1967, langsung pada saat itu juga lah kontrak karya pertambangan tiada akhir dengan Freeport ditandatangani dan berlaku hingga saat ini.
Tanggal 23 Februari 1967 Soekarno menyerahkan tahta. Ini juga sebagai pertanda awal dimulainya kepahitan hidup Soekarno yang dikucilkan, diasingkan, menjadi tahanan kota, tahanan rumah, bahkan pembatasan dan penghentian fasilitas kesehatan sampai akhir hayat beliau 3 tahun setelahnya.
Bulan Maret 1967 Soeharto dilantik, secepat kilat pada bulan April kontrak dengan Freeport tersebut ditandatangani, lalu secara official seluruh kegiatan mobilisasi alat-alat berat di mulai lewat udara menggunakan helikopter. Kontrak ini menjadi payung hukum dan juru kunci bagi Freeport untuk melakukan ekplorasi secara berkelanjutan. Tapi menjadi musibah besar bagi Indonesia dan rakyat Papua karena isinya hampir sulit dikoreksi selama puluhan tahun.Â