Pulang ke Argentina, Pizzi memulai karir sebagai pelatih bersama klub Atletico Colon dan menjadi juara liga Clausura tahun 2005. Kemudian malang melintang di klub America Latin seperti Universidad San Martin, Santiago Morning, Universidad Catolica, Rosario Central dan San Lorenzo. Sebelum akhirnya kembali ke Eropa sebagai pelatih dengan menangani klub Valencia. Di Valencia, Pizzi gagal membawa Valencia bersinar dan menjadi bagian yang tergusur dari pemilik baru Valencia asal Singapura Peter Lim. Pizzi divonis gagal setelah hanya membawa Valencia diposisi 8 dan gagal lolos ke Eropa Cup.
Pizzi pun melanjutkan karir kepelatihan Di Meksiko bersama Club Leon. Setelah Sampaoli bersitegang dengan federasi sepakbola Chile akibat nilai kontrak, Pizzi pun menjadi suksesor Sampaoli di timnas Chile. Sempat dicibir karena belum sempat melatih timnas mana pun oleh publik Chile, Pizzi membuktikan bagaimana olah taktiknya bersama timnas Chile dengan mengalahkan lawan yang spesial timnas Argentina, Chile pun mengikuti jejeak Uruguay dan Argentina yang meraih gelar juara beruntun 2 kali berturut-turut. Pizzi pun menjawab keraguan dengan profesionalitas yang luar biasa sebagai pelatih dengan kemenangan yang luar biasa dalam karirnya.
