Ketika sudah sampai di Manggarai Motang Rua tetap benci kepada Belanda. Dia bahkan tidak pernah mau bertemu dengan orang berkebangsaan Belanda yang bekerja di Manggarai.
Akan tetapi menjelang akhir hayatnya karena begitu kuat pengaruh Khatolik dimanggarai, pada tahun 1950, Motang Rua akhirnya dibaptis oleh Markus Sampu seorang guru agama Khatolik dengan nama Petrus Guru.
Pada tahun 1951, putri sulungnya Nona Koe datang ke Manggarai dan bertemu dengan Motang Rua Guru Ame Guru di Teras, Desa Liang Bua Kecamatan Rahong Utara.
Ketika itu Motang Rua enggan menerima kedatangan putrinya Nona Koe di ediamaannya di Beo Kina. Dengan alasan ibu dari Nona Koe yang berasal dari Saigon Vietnam itu belum diberinya mas kawin (belis) sesuai adat istiadat Manggarai.
Dua tahun setelah dibaptis menjadi Khatolik, tepatnya 25 Maret 1952 pada sekitar usia 92 tahun akhirnya Motang Rua meninggal dunia. Dia kemudian dimakamkan di Beo Kina tanah kelahirannya.
