Tahun 1989 adalah tahun dimana hubungan Senna dan Prost semakin memburuk. Bagaimana tidak, sepanjanga tahun Senna dan Prost mengalami persaingan sengit di lintasan dan persaingan tensi tinggi juga terlihat di luar lintasan. Dari permasalahan bedanya perlakuan mesin Honda yang ada di Senna dan Prost yang ditemui oleh bos tim mereka Ron Dennis di GP Perancis, lalu sampai pada permasalahan dilanggarnya perjanjian antar rekan tim yang dilakukan Senna ketika dia melewati Prost di GP San Marino yang pada saat itu Prost start di depan dan siapapun melewati tikungan satu berada di depan maka rekan setimnya tidak boleh melewatinya lagi dan itu yang dilanggar Senna.
Senna sebenarnya sudah unggul di awal-awal tahun dari Prost di klasemen pembalap, namun masalah-masalah mesin yang menimpa Senna di beberapa balapan dan kesalahan-kesalahannya ketika bertabrakan di GP Brazil dan Portugal membuat Prost melewati Senna di papan klasemen sementara. Tensi tinggi yang dihasilkan inilah yang membuat GP Jepang 1989 menjadi balapan penentuan untuk Senna walaupun sebenarnya setelah GP Jepang ini masih menyisahkan satu balapan lagi di GP Adelaide. Jika dia ingin punya peluang juara dunia 1989 maka Senna harus menang.
Senna pada GP Jepang ini sebenarnya sangat unggul dibanding Prost dengan hasil dua kualifikasi memberikan Senna posisi pertama dengan jarak pada posisi dua yang diisi Prost lumayan jauh yaitu 1,7 detik.
Senna di prediksikan dengan hasil kualifikasi itu untuk memenangkan balapan GP Jepang. Pada saat permulaan Prost berhasil melewati Senna menuju tikungan pertama, dan terus berada di depan Senna hingga 10 lap terakhir. Senna yang mulai terlihat tidak sabar karena jika Prost menang maka Prost lah yang akan menyabet gelar juara dunia 1989.
Alhasil mereka pun bertabrakan dan memaksa Prost untuk tidak bisa melanjutkan balapan sedangkan Senna walaupun sayap depannya rusak tapi dia tetap bersikeras untuk melanjutkan balapan dengan meminta tolong para penjaga lintasan untuk mendorong mobilnya.
Senna berhasil kembali ke lintasan dan melanjutkan balapan setelah melakukan perbaikan di sayapnya dan dia sekarang berada di posisi ke 3. Setelah dia berhasil melewati Alesandro Narnini yang berada di posisi 1 di lap ke 50, akhirnya dia berhasil memenangkan balapan GP Jepang.
Namun Senna harus didiskualifikasi dari balapan GP Jepang ini karena Senna melanggar peraturan dengan menerobos satu tikungan ketika dia hendak didorong oleh para penjaga lintasan saat itu.
Senna berargumen jika dia tidak menerobos tikungan tersebut lalu kembali ke lintasan dari bagian yang bukan lintasannya akan membahayakan dia, para penjaga lintasan dan pembalap lain yang mungkin bisa menabrak mereka. Namun keputusan diskualifikasi ini bersifat tetap dan kemenangan Senna pun harus dicabut dan dinyatakan tidak sah. Karena hasil itulah maka Prost dinyatakan sebagai juara dunia tahun 1989 atau yang ketiga buatnya.
Senna Vs Prost Bagian 2
Seperti halnya sebuah film seru yang mempunyai kelanjutan-kelanjutan kisah yang lebih seru lagi, Senna dan Prost pun terlibat kisah persaingan yang lebih seru lagi pada tahun 1990. Persaingan ini akan saya sebut Senna Vs Prost Bagian 2. Senna yang masih berada di tim Mclaren berhadapan dengan Prost yang pindah ke tim Ferrari. Kepindahan Prost ini didasari oleh ketidaksukaan Prost dengan perlakuan yang dianggap istimewa ke Senna oleh tim Mclaren.
Pada awal hingga pertengahan musim Senna sudah berhasil memimpin klasemen pembalap dan terpaut jauh dengan lawan-lawannya bahkan jauh dengan Prost. Namun apa yang terjadi di tahun 1990 tidak jauh berbeda dengan tahun sebelumnya, ketika di fase-fase akhir Senna mengalami sederet ketidak beruntungan dengan masalah mesin dan kecelakaan-kecelakaan serta diperparah oleh Prost dan Ferrari yang kemudian menantang Senna dengan 5 kemenangannya. Dan kembali pertarungan Senna dan Prost harus berlangsung hingga GP Jepang.