Dalam perjalanannya telah diterbitkan peraturan pemerintah Nomor 8 Tahun 2007 tentang investasi Pemerintah yang selanjutnya diubah dengan Peraturan Pemerintah Nomor 1 Tahun 2008 yang merupakan aturan pelaksanaan investasi Pemerintah.
Dalam Pasal 10 PP Nomor 1 Tahun 2008, pelaksanaan kewenangan Pemerintah dalam melakukan pengelolaan investasi Pemerintah hanya dilakukan oleh Menteri Keuangan selaku bendahara umum negara. Adapun kewenangan dimaksud meliputi kewenangan regulasi, supervisi, dan operasional.
Berdasarkan ketentuan perundang-undangan tersebut di atas jelas bahwa Menteri Keuangan selaku bendahara umum negara dapat melakukan investasi pembelian 7% saham divestasi PT NNT tanpa harus minta persetujuan DPR.
Untuk melakukan investasi jangka panjang nonpermanen tidak diperlukan persetujuan DPR karena bukan merupakan pemisahan kekayaan negara sebagaimana PMN. Sedangkan untuk melakukan penyertaan modal negara diperlukan persetujuan DPR, berdasarkan prinsip Pasal 24 ayat (1) Undang-Undang Nomor 17 Tahun 2003, penyertaan modal negara hanya boleh dilakukan kepada perusahaan negara.
Penyertaan modal negara tidak diperbolehkan dilakukan kepada perusahaan swasta. Namun demikian, berdasarkan Pasal 24 ayat (7) Undang-Undang Nomor 17 Tahun 2003, penyertaan modal negara kepada 19 perusahaan swasta hanya dapat dilakukan apabila memenuhi unsur-unsur adanya keadaan tertentu dalam rangka penyelamatan perekonomian nasional setelah mendapat persetujuan DPR.
Keputusan untuk melakukan investasi nonpermanen didahului dengan kajian mengenai kelayakan bisnis, hukum, dan manajemen resiko sesuai dengan prinsipprinsip korporasi. Sebagaimana kelaziman bisnis, keputusan investasi nonpermanen yang memerlukan keputusan segera sesuai timing investasi seyogianya bukan merupakan keputusan politis yang harus terlebih dahulu memerlukan persetujuan DPR.
Dalam proses penyusunan dan pembahasan Undang-Undang Nomor 17 Tahun 2003 dan Undang-Undang Nomor 1 Tahun 2004 sangat disadari bahwa penerapan pola pengelolaan keuangan BLU adalah pengecualian dari beberapa asas umum yang berlaku.
Namun pengecualian tersebut diperlukan justru agar pengelolaan keuangan negara dapat dilakukan secara lebih efektif dan efisien dengan tetap menjaga transparansi dan akuntabilitas dalam pelaksanaan penerimaan dan pengeluaran oleh BLU.
BLU memiliki beberapa fleksibilitas dan penerapan prinsip-prinsip umum pengelolaan keuangan negara yang tidak dimiliki oleh satuan kerja lain di lingkungan kementerian lembaga. Sumber dana BLU yang berasal dari APBN disalurkan melalui pembiayaan, bukan melalui belanja.
Ketentuan Pasal 15 ayat (5) Undang-Undang Keuangan Negara yang menyebutkan bahwa APBN yang disetujui DPR terinci sampai dengan organisasi, fungsi, program, kegiatan, dan jenis belanja adalah mengatur secara eksplisit belanja kementerian negara lembaga. Bukan rincian pengeluaran pembiayaan yang dialokasikan bagi BLU.
Menyamakan pengelolaan keuangan BLU dengan pengelolaan satuan kerja lain di lingkungan kementerian lembaga sama dengan mengingkari keberadaan BLU dan tidak sejalan dengan tujuan pembentukan BLU. Untuk menjaga transparansi dan akuntabilitas pengelolaan keuangan, BLU memiliki kewajiban yang lebih berat dalam penyelenggaraan sistem akuntansi dan pelaporan keuangan.