Kedudukan Dipayuda I selanjutnya digantikan putera dari Tumenggung Yudanegara III dengan gelar Tumenggung Dipayuda II. Â Atas jasanya menemukan jenazah Dipayuda I dalam Perang Jenar selanjutnya Arsantaka diangkat menjadi Umbul Demang (kepala demang). Tumenggung Yudanegara III juga mengambil menantu putera Arsantaka dari istri pertama yaitu Arsayuda. 9 Bahkan Arsayuda anak Arsantaka diangkat menjadi Patih Karanglewas mendampingi Dipayuda II.8
Karena sakit-sakitan, Raden Tumenggung Dipayuda II, tidak lama menjabat Ngabehi Karanglewas (tahun 1755-1758).9 Kelak Dipayuda II dikenal sebagai Dipayuda Seda Benda. Patih Arsayuda diangkat sebagai pengganti Dipayuda II sebagai Tumenggung Karanglewas dengan bergelar Dipayuda III (1759-1787). Pada era Dipayuda III pusat pemerintahan dipindah dari Karanglewas ke desa Prabalingga. 3 Dipayuda III menjadi pemimpin daerah yang kelak dikenal sebagai Purbalingga. Putera Arsantaka  dari istri kedua yaitu Mas Candrawijaya  kemudian hari diangkat menjadi Patih Purbalingga.
Dipayuda III digantikan Ngabehi Yudakusuma putra Yudanegara IV sebagai pejabat sementara (1787-1792). Selanjutnya pemerintahan digantikan putra Dipayuda III dari garwa selir yaitu Tumenggung Dipakusuma I. Dipakusuma I diangkat dan menjabat pada tahun 1792-1811. Dipakusuma digantikan Tumenggung Bratasudira pada tahun 1811-1831. Bratasudira adalah putra Dipakusuma I yang juga dikenal sebagai Danakusuma.
Pemerintah Hindia Belanda mengangkat Tumenggung Dipakusuma II diangkat yang menjabat pada kurun waktu 1831-1846. Selanjutnya berturut turut digantikan oleh Dipakusuma IV (1868-1883) dan Dipakusuma V atau dikenal sebagai Kanjeng Candiwulan (1883-1899). Dipakusuma V Â digantikan oleh Tumenggung Dipakusuma VI yang menjabat pada tahun 1899-1925.
Era Karesidenan Banyumas dan Transisi Dayeuh Luhur menjadi Cilacap
Perang Jawa atau dikenal dengan Perang Diponegoro (1825-1830) menyebabkan terjadinya perubahan hubungan patron-klien dari kekuasaan Mataram (Surakarta) beralih ketangan pemerintah kolonial Hindia Belanda.10 Â Terhitung sejak 22 Juni 1830 daerah mancanegara Kulon ini secara politis masuk di bawah control pemerintah kolonial Hindia-Belanda.11 Peningkatan status Banyumas dari Kadipaten menjadi Karesidenan telah membuat perubahan dalam sistem perpolitikan Banyumas dimana sebelumnya bupati menjadi penguasa tertinggi di kadipaten berganti menjadi residen yang dibantu oleh asisten residen yang dijabat oleh Bangsa Belanda.12
Pemerintahan di wilayah Banyumas diatur berdasarkan Konstitusi Nederland yang pada pasal 62 ayat 2 disebutkan bahwa pemerintahan umum di Hindia Belanda dilakukan oleh Gubernur Jenderal atas nama kerajaan Belanda. Gubernur Jenderal adalah kepala eksekutif yang berhak mengangkat serta memberhentikan para pejabat di Hindia Belanda, termasuk para Adipatinya.13 Gubernur Jenderal Johannes Graaf van den Bosch (1830-1833) membuat surat keputusan berupa rencana pembentukan Karesidenan, afdeeling, dan kabupaten di Karesidenan Banyumas tertanggal 18 Desember 1830 yang hanya menyebut empat kabupaten, yaitu Banjoemas (Banyumas), Adji-Baran (Ajibarang), Daijoe-Loehoer (Dayeuhluhur), dan Prabalingga (Purbalingga).14
Karesidenan Banyumas diperluas dengan memasukkan Distrik Karang Kobar, Pulau Nusa Kambangan, Madura (sebelumnya masuk wilayah Cirebon) dan karangsari (sebelumnya masuk wilayah Tegal).11
Kemudian dengan adanya Resolutie Governuer General Buitenzorg tanggal 22 Agustus 1831 Nomor I salah satunya tentang pembentukan Kabupaten Banjarnegara, Struktur pemerintahan di wilayah Banyumas mengalami perubahan dan perombakan secara total. Wilayah Banyumas dibagi menjadi lima kabupaten dan saat itulah dimulainya jabatan Residen dan Asisten Residen yang dijabat oleh orang Belanda di Banyumas 10 Resolutie van den 22 Agustus 1831, No.1 telah diangkat 5 orang pejabat bupati di Karesidenan Banyumas, yakni (1) Ngabehi Cakranegara dari Purwokerto diangkat menjadi bupati Banyumas, (2) Raden Tumenggung Mertadiredja II, Wedana Bupati Kanoman Banyumas diangkat menjadi Bupati Ajibarang, (3) Ngabehi Dipayuda dari Ngayah diangkat menjadi Bupati Banjarnegara, (4) Tumenggung Prawiranegara tetap di Dayeuhluhur, dan (5) Tumenggung Dipakusuma tetap di Purbalingga.14
Karena dianggap memihak P. Diponegoro Tumenggung Prawiranegara dipecat dari kedudukannya dan kemudian dibuang ke Pulau Banda. Sesuai dengan surat Asisten Residen Ajibarang pada tanggal 24 Oktober 1831 no 184, Bupati Ajibarang diberi kuasa Kabupaten Dayu-Luhur. Lowongan jabatan Bupati Dayu-Luhur ditiadakan sehingga Kabupaten Dayu Luhur bersama Kabupaten Ajibarang merupakan satu Afdeling Ajibarang dengan ibukota Ajibarang. Kabupaten Dayu-Luhur yang baru 2 bulan dikukuhkan, merosot statusnya menjadi Kepatihan (Pattehschap) Dayu-Luhur.15 Pada tahun 1832 terjadi pemindahan pusat pemerintahan Kabupaten Ajibarang ke distrik Purwokerto yang selanjutnya disebut sebagai Kabupaten Purwokerto.12
Pada tahun 1841 Kepatihan (Pattehschap) Dayu-Luhur dipisahkan dari Kabupaten Purwokerto dan Distrik Adireja dipisahkan dari Kabupaten Banyumas, dan dijadikan satu Afdeling tersendiri yaitu Afdeling Cilacap dengan ibukota Cilacap.15 Selanjutnya dalam Staatblad No.113 tahun 1883 Regentie Banjoemas (Karesidenan banyumas) terdiri dari regentschap/ afdelingsebagai berikut : 1. Banjoemas (Banyumas), 2. Poerwakerta (Purwokerto), 3. Poerbalingga (Purbalingga), 4. Bandjarnegara (Banjarnegara) dan 5. CilaCap(Cilacap).
