Namun peruntungannya di Bilbao sama sekali tidak mendukung. Dia berulang kali mendapat cedera parah dan hanya bermain sebanyak 16 kali saja. Lizarazu yang tampil buruk pun hanya bertahan selama satu musim.
Kendati begitu, tidak apiknya performa Lizarazu di Bilbao bukan hanya buah dari masalah cedera yang kerap mendera. Lebih dari itu, dia mendapat berbagai ancaman dari kelompok yang dianggap teroris. Dilaporkan, Lizarazu mendapatkan ancaman dari kelompok separatis Basque, Euskadi Ta Askatasuna (ETA). Mereka meminta dana bantuan perjuangan kepada Lizarazu jika ingin selamat selama membela Bilbao.
Ancaman tersebut benar-benar membuat mental Lizarazu down, dan membuatnya sama sekali tidak betah. Setelah itu, dia memutuskan meninggalkan Bilbao dan bergabung dengan Bayern Munchen. Lizarazu berharap kepindahan ke Jerman akan menjauhkan dirinya dari kelompok teroris paling ditakuti di Eropa tersebut.
Namun ternyata, dia masih sering mendapat ancaman. Pada tahun 2001, ketika dia masuk ke dalam daftar timnas Prancis yang melakukan uji coba melawan Spanyol di Valencia, kelompok berbahaya itu terus memberikan ancaman kepada Lizarazu. Tak mau menerima resiko besar, dia menyewa bodyguard selama berada di Negeri Matador.
Setelah bekerja sama dengan kepolisian Prancis dan juga Spanyol, Lizarazu bisa merasa tenang karena pada akhirnya pihak yang bersangkutan berhasil ditangkap.
Dibalik pengalaman mengerikan yang didapat, Lizarazu tetap mampu tampil sempurna bersama timnas Prancis. Tepat setelah dilego ke FC Bayern, Lizarazu berhasil sumbangkan trofi Piala Dunia dan juga Piala Eropa untuk Les Bleus.
Selain itu, dia juga mendapat semua piala yang tersedia ketika membela The Bavaria. Buktinya, mulai dari trofi Bundesliga, DFB-Pokal, hingga trofi Liga Champions Eropa, berhasil masuk ke dalam lemari pialanya. Lizarazu lantas mendapat julukan sebagai bek kiri pengoleksi banyak trofi.
Lebih dari itu, dia juga menjadi salah satu pemain terbaik yang dimiliki FC Bayern.
Setelah mendapat banyak trofi, Lizarazu kembali ke Prancis dan bergabung dengan Marseille. Namun ia gagal persembahkan gelar apapun.
Masih merasa sanggup bermain di level tertinggi, Lizarazu putuskan kembali ke FC Bayern. Ada yang unik di periode keduanya bersama Bayern. Lizarazu mengenakan kostum bernomor 69. Banyak yang memandang aneh nomor tersebut karena jarang sekali pemain yang memakai nomor punggung 69.
Setelah sempat timbulkan kegaduhan, Lizarazu lalu memberikan sebuah pernyataan.
