Laporan hasil audit atas instasi Badan Pemeriksa Keuangan (BPK) Republik Indonesia pada tanggal 1 Desember 2015 bocor ke tangan publik. Laporan Nomor : 48/AUDITAMA VII/PDTT/12/2015 ditujukan kepada Menteri Perhubungan, Menteri BUMN, Komisaris PT Pelabuhan Indonesia (PT Pelindo II), dan Direktur PT Pelabuhan Indonesia II (Persero). Laporan berisikan 10 poin kesimpulan hasil audit yang dilakukan oleh BPK. 10 poin tersebut tidak disebutkan kerugian negara oleh Pelindo II.
Tanggal 4 Desember 2015, Rieke Diah Pitaloka membacakan kesimpulan hasil kerja pansus bahwa, amandemen kontrak kerjasama antara PT Pelindo II dan Hutchison Port Holding (HPH) tidak mengikuti Undang-Undang (UU) No 17 Tahun 2008 (UU Pelayaran). Pansus Pelindo II menyatakan  PT Pelindo II tidak meminta izin kepada Kementrian Perhubungan untuk dilakukannya amandemen kontrak kerja sama seperti yang dimaksud UU No 17 tahun 2008 pasal 92.
Kesimpulan hasil kerja Pansus Pelindo II berbeda dengan hasil audit BPK yang dilaporkan bahwa PT Pelindo II sesuai dengan UU No 17 Tahun 2008. Poin 10 hasil audit BPK tertulis bahwa Kemeterian Perhubungan tidak melaksanakan Pasal 344 ayat 2 UU No 17 Tahun 2008 tentang Pelayaran dan Belum Melakukan Pengaturan yang Memadai Terkait Kerja Sama Antara BUMN dengan Pihak Ketiga di dalam Daerah Lingkungan Kerja (DLKr).
Pasal 344 ayat 2 :
Dalam waktu paling lama 3 (tiga) tahun sejak undang-Undang ini berlaku, kegiatan usaha pelabuhan yang dilaksanakan Pemerintah, pemerintah daerah dan Badan Usaha Milik Negara sebagaimana dimaksud pada ayat (1) wajib disesuaikan dengan ketentuan sebagaimana diatur dalam Undang-Undang ini.
Pasal 344 ayat 2, mewajibkan kementerian perhubungan melakukan konsesi seperti tercantum pada pasal 92 dari UU No 17 Tahun 2008 diundang-undangkan hingga 2011. Kementerian perhubungan melakukan konsesi pada 11 November 2015, ini yang disebutkan oleh BPK bahwa Kementerian Perhubungan tidak melaksanakan amanat UU No 17 Tahun 2008.
Pasal 345 ayat 1 :
Perjanjian kerja sama di dalam Daerah Lingkungan Kerja antara Badan Usaha Milik Negara yang terlah menyelenggarakan usaha pelabuhan dengan pihak ketiga tetap berlaku.
Amandemen kontrak Pelindo II dan HPH tanpa melalui izin Kementrian Perhubungan memiliki payung hukum yang jelas pada pasal 345 ayat 1, karena perjanjian antara Pelindo II dan HPH dilakukan pada tahun 1999 sebelum UU Pelayaran disahkan pada tahun 2008. Sedangkan konsesi baru dilakukan oleh Kementerian Perhubungan 7 tahun setelah UU berlaku.
Dari fakta hukum tersebut, maka semua kausul-kausul amandemen kerja sama antara PT Pelindo II dan HPH tidak menyalahi UU No 17 Tahun 2008 tentang pelayaran. Kausul tersebut termasuk pada perpanjangan kontrak kerja sama HPH di Jakarta International Container Terminal (JICT).
Adanya amandemen kontrak kerja sama PT Pelindo II dengan HPH, porsi kepemilikan saham mayoritas di JICT berubah. Sebelum adanya amandemen kontrak kerjasama, Pelindo II memiliki saham 49% dan saham HPH 51% di JICT, setelah adanya amandemen Saham PT Pelindo II 51% dan HPH 49% di JICT. Dengan perubahan saham, jajaran Direksi HPH di JICT diganti oleh PT Pelindo II.
