Permasalahan terhadap penerapan sistem zonasi tidak dapat dipungkiri, diantaranya: priotitas jarak tempat tinggal calon peserta didik dengan sekolah sebagai penentu utama PPDB sulit diterapkan, karena jumlah lulusan sekolah dengan ketersediaan sekolah untuk semua daerah belum seimbang.Â
Akibatnya, beberapa sekolah yang awalnya mendapat murid banyak menjadi terbatas dan sekolah yang awalnya kekurangan calon peserta didik menjadi kelebihan calon siswa karena berada di zona padat Masalah yang seringkali terjadi selanjutnya adalah sistem zonasi yang mengutamakan jarak calon siswa dengan sekolah dibanding nilai ujian nasional berakibat pada runtuhnya motivasi peserta didik baru dalam belajar dan meraih prestasi.
Artinya adalah secara tidak langsung, sistem ini tidak memilah siswa yang displin dalam nilai ataupun kewajiban penting dalam proses PPDB zonasi ini sehingga nantinya akan berpengaruh dalam prestasi siswa dijejang yang akan datang.
Namun tentunya kita tidak bisa memungkiri bahwa sistem ini juga memiliki dampak positif yang banyak terhadap sosial dan prilaku suatu pendidikan. Pertama,siswa dengan prestasi tertinggi diharapkan mampu memotivasi siswa yang lain begitu juga dengan siswa dengan perilaku baik dapat menularkan kepada yang lain. Kedua, guru yang lebih kompeten akan dapat meningkatkan pembelajaran siswa, semakin guru berkompeten maka dia ditugaskan untuk mengajar siswa berprestasi rendah. Ketiga, pemerataan kualitas pendidikan, anak-anak memiliki kesempatan yang sama untuk mengakses pendidikan yang berkualitas.
Jadi,
Sistem Zonasi akan berdampak baik tergantung pendapat/polemic tersendiri, diantara pendapat kontra adalah kurangnya sosialisasi dari dinas Pendidikan, adanya blank spot dan perilaku kurang disiplin siswa. Namun, sisi pronya adalah sistem zonasi menghapus dikotomi sekolah antara favorit dan biasa, mendorong anak dekat dengan keluarga dan efesien dalam jarak dan ongkos.Â
Namun, hal yang sering kali ditemukan di lapangan adalah sistem zonasi yang mengumpulkan anak anak dengan kondisi yang tidak jauh berbeda menjadi keluhan tersendiri untuk guru demi menangani perilaku siswa yang semakin "urakan" atau tidak disiplin, hal ini perlu segera ditangani karena ketidaksiplinan tersebut pada akhirnya berhubungan dengan prestasi siswa yang rendah. Singkatnya kita harus selalu mementingkan pendidikan berdasar tujuan pendidikan itu sendiri memajukan bangsa, tanpa menghiraukan karakter moralitas bangsa Indonesia yang beradab.
