Meskipun arsitektur tropis ini memiliki banyak manfaat, namun ada beberapa masalah yang sering dihadapi dalam penerapannya. Salah satu masalah yang utama adalah keterbatasan lahan.Â
Beberapa kota di Indonesia memiliki lahan yang sangat terbatas, sehingga sulit untuk menambahkan jendela besar atau menambahkan taman di dalam atau di depan rumah. Boro-boro mau pikirin taman, fungsi utama rumah saja masih kurang.Â
Selain itu juga biaya yang dibutuhkan cukup besar. Penggunaan material yang sesuai dengan iklim tropis seperti kayu atau batu alam, cenderung relatif mahal harganya dibandingkan material yang lain. Sehingga bagi yang punya kantung pas-pasan lebih memilih material yang menyerupai kayu dibandingkan kayu asli.
Kendala yang sering ditemui di rumah-rumah adalah penerapan desain yang keliru. Terlalu banyak sekat dan ruangan tertutup sehingga udara tidak bisa mengalir dengan baik dan biasanya ruangan gelap. Kalau dilanjutkan lagi, ruangan yang gelap juga cenderung lembab. Udara yang lembab tidak baik untuk penghuni ruangan.
Akhir kata, secara keseluruhan arsitektur tropis merupakan cara yang efektif untuk mengurangi panas yang dihasilkan oleh iklim tropis terutama di Indonesia dan juga membuat ruangan menjadi lebih nyaman.Â
Walaupun demikian, memang tidak bisa dipungkiri bahwa di dalam penerapannya selalu ada masalah, terutama di lahan yang terbatas dan biaya yang harus dikeluarkan.