Ironisnya industri-industri yang ada dan telah berdiri cukup lama tersebut belum mempunyai Instalasi Pengolahan Air Limbah (IPAL). Sehingga pabrik pengolahan ikan tersebut membuang limbah industrinya langsung ke sungai dalam kondisi yang masih keruh dan bau.
Limbah hasil industri tersebut langsung dialirkan ke sungai melaui pipa-pipa, menyebabkan bau yang sangat menyengat. Akan menyebabkan endapan limbah yang mengeras, terutama saat musim kemarau tiba. Selain berdampak pada pendangkalan sungai, limbah-limbah industri ini juga menyebabkan polusi udara.
Setiap wisatawan atau orang yang baru pertama kali mengunjungi Muncar pasti mengeluhkan bau Muncar yang sangat mengganggu indra penciuman. Bau ini disebabkan oleh industri pengolahan ikan yang membuang limbahnya tanpa melalui proses. Hal ini pastinya akan mempengaruhi jumlah wisatawan yang ingin mengunjungi salah satu sentra ikan terbesar yang ada di Indonesia ini.
Polusi limbah yang mencemari sungai di Muncar ini kian hari kian menjadi, terutama dalam musim ikan. Dikarenakan pada musim ini, industri pengolahan ikan pastinya beroperasi lebih dari biasanya. Pastinya jumlah limbah yang ada di sungai juga semakin bertambah.
Lemahnya pengawasan dari Dinas Lingkungan Hidup (DLH) Kabupaten Banyuwangi, membuat persoalan pencemaran sungai ini menjadi sebuah persoalan yang tak perlu ada penyelesaiannya.
Masyarakat sekitar juga sudah mulai mengeluhkan masalah polusi limbah ini dan berharap dinas terkait dapat memberikan tindakan serta sanksi tegas kepada pemilik usaha industri pengolahan ikan yang membuang limbah pabriknya langsung ke sungai. Juga perlunya dilakukan uji lab air tanah dan sungai yang ada di sekitar pabrik untuk mengetahui apakah air disekitar sungai Kali Mati tersebut masih layak konsumsi atau tidak.
Selain warga masyarakat yang mengeluh karena limbah pabrik menyebabkan polusi bau, ada satu hal lagi yang sangat sering sering dikeluhkan oleh Masyarakat Muncar terutama para nelayan. Para nelayan mengeluhkan pendapatan mereka semakin merosot hingga 70%.
Diduga merosotnya pendapatan ini karena limbah pabrik yang juga ikut mencemari sekitar pelabuhan. Nelayan juga terpaksa harus mencari ikan ke tengah laut, hingga ke laut Jawa karena berkurangnya tangkapan ikan. Hal ini otomatis mengakibatkan biaya melaut menjadi meningkat. Masalah ini juga sudah dilaporkan kepada Pemerintah Kabupaten Banyuw
ngi dan DPRD setempat namun hasilnya nihil. Tidak ada tindakan nyata dari pemerintah. Pabrik-pabrik pengolahan ikan terus berproduksi. Jika hal ini terus berlanjut, di khawatirkan nelayan Muncar akan banyak yang gulung tikar, karena populasi ikan yang semakin menipis.
Selain persoalan polusi bau dari limbah yang ada dan berkurangnya pendapatan nelayan, nyatanya limbah dari pabrik pengolahan ikan juga memberi berkah pada warga yang tinggal sekitar pabrik. Air limbah yang sangat keruh dan berbau tersebut diambil dari sungai atau selokan di sekitar pabrik tersebut dikumpulkan dan diolah untuk dibuat minyak ikan.
Cara pengolahan limbah tersebut dapat dibilang cukup mudah. Namun banyak warga yang enggan melakukakan profesi tersebut dikarenakan bau limbah yang memang tidak sedap. Cara pengolahannya yaitu mengambil limbah dari saluran pembuangan pabrik.
