Selain masalah sampah, Pesisir Muncar juga memiliki masalah lain berupa limbah dari pabrik sarden. Pabrik sarden yang ada di Kecamatan Muncar ini jumlahnya cukup banyak, hampir keseluruhan membuang limbahnya ke laut tanpa adanya pengolahan terlebih dahulu. Selain cukup berbahaya bagi ekosistem laut, bau dari limbah ini cukup menganggu masyarakat.
Pembuangan sampah dan limbah langsung ke laut ini sudah berlangsung sejak lama, sehingga di sekitar bibir pantai dengan mudah ditemukan tumpukan sampah terutama sampah rumah tangga.Â
Akibat dari tercemarnya laut ini menyebabkan dampak negatif sendiri bagi masyarakat. Hasil tangkapan laut tiap harinya kian menurun, sehingga pendapatan nelayan Muncar pun ikut menurun. Dari dampak yang dirasakan inilah masyarakat dan pemerintah Muncar mulai melakukan pembenahan.
Salah satu wujud nyata adanya pemebenahan lingkungan yang dilakukan merupakan penerapan dari Undang-Undang  No 18 Tahun 2008 pada pasal 22 mengenai Penanganan Sampah. Masyarakat mulai melakukan pemilihan sampah melalui pengelompokkan dan pemisahan sampah. Hal ini didukung dengan diberikannya 2 bak sampah bagi setiap keluarga.Â
Sehingga sampah rumah tangga sudah terbagi menjadi sampah organik dan anorganik. Kemudian akan ada petugas sampah yang mengambil sampah setiap 2 hari sekali dan diangkut menggunakan truck sampah. Sampah-sampah tersebut akan diangkut ke penampungan sampah sementara yang berada di kawasan Stoplas yang cukup jauh dari area permukiman warga.Â
Di tempat penampungan sampah ini lah sampah organik kemudian diolah menjadi pupuk kompos sedangkan sampah anorganik akan di daur ulang. Sedangkan terkait limbah dari pabrik sarden juga sudah mulai berkurang yang dibuang langsung ke sungai.Â
Sungai Kalimati yang mengelilingi Desa Kedungrejo, Kecamatan Muncar saat ini sudah mulai bersih dari sampah yang menggenang, air yang mengalir masih terbilang cukup kotor namun sudah tidak berbau busuk seperti sebelumnya.Â
Pengelolaan sampah yang ada bisa dikatan cukup berhasil karena masyarakat sudah mulai teredukasi untuk tidak membuang sampahnya ke sungai lagi, sehingga sungai Kalimati sudah tidak setercemar dahulu. Hal ini merupakan hasil kerjasama antara pihak pemerintah desa dan masyarakat. Perlu adanya keberlangsungan pengelolaan sampah agar Pesisir Muncar bener-benar terbebas dari sampah dan limbah pabrik.