Program unggul di MI Al Huda Karangnongko adalah Tahfidz dengan metode Ummi dan Bahasa Inggris. Dengan program tersebut, diharapkan peserta didik dapat menghafal Al Qur'an dengan baik dan bisa menggunakan Bahasa Inggris sebagai bahasa internasional. Metode Ummi diajarkan ke siswa untuk meningkatkan kemampuan membaca Al Qur'an dengan pendekatan ibu. Metode ini digunakan karena sistem yang berbasis mutu, tahapan yang sistematis, materi yang continue, dan kontrol yang ketat sehingga MI Al Huda menggunakan metode ini sebagai program unggulan tahfidz.
Kegiatan di MI Al Huda Karangnongko dimulai pada pukul 06.45 dengan shalat dhuha berjamaan terlebih dahulu di masing-masing kelas. Setelah shalat dhuha berjamaah, dilakukan kegiatan tahfidz sampai 08.45 kemudian dilanjut kegiatan belajar pelajaran seperti biasanya. Berbagai fasilitas yang diberikan untuk menunjang pembelajaran yaitu berupa ruang kelas yang memadahi untuk kegiatan belajar, ruang perpustakaan, ruang uks, mushola, tempat wudhu, rak sepatu, kantin, wastafel, lapangan dan ruang tahfidz. Siswa juga mendapat fasilitas berupa air minum dengan disediakan galon air putih di setiap kelas.
Â
