Selain berbeda pada masa kerja, PPPK dan PNS berbeda dalam manajerial hak dan fungsinya yang diatur dalam Peraturan Pemerintah yang berbeda.
Manajemen PNS diatur dalam PP nomor 17 tahun 2020 tentang Perubahan Atas Peraturan Pemerintah Nomor 11 Tahun 2017 tentang Manajemen Pegawai Negeri Sipil.
Sementara itu, manajemen PPPK diatur dalam PP Nomor 49 Tahun 2018 tentang Manajemen Pegawai Pemerintah dengan Perjanjian Kerja.
Perbedaan antara PNS dan PPPK dalam hal manajemen kepegawaian ASN antara lain tentang kepangkatan dan kesempatan untuk menduduki jabatan struktural.
Kemudian, masalah pengembangan karir, pola karir, promosi, mutasi, jaminan hari tua dan jaminan pensiun.
ASN dengan status PPPK tak memiliki kesempatan untuk itu semua. Mereka hanya bekerja berdasarkan tupoksi yang digariskan sesuai teknis pekerjaan.
Tak memiliki kesempatan untuk mendapat kenaikan jabatan, pola karirnya stuck begitu saja. Jadi apabila ia merupakan seorang ASN PPPK dibidang analisa kebijakan maka selamanya dia akan ada diposisi itu, kecuali dia melakukan tes penerimaan PPPK lagi di posisi yang lain.
ASN PPPK pun tak memiliki akses pada jaminan hari tua dan pensiun seperti PNS, tapi biasanya oleh lembaga negara yang bersangkutan ASN PPPK ini dimasukan program jaminan sosial BPJS Ketenagakerjaan, jadi diakhir masa kerjanya setelah pensiun mereka akan mendapat jaminan hari tua dan jaminan pensiun.
Dalam hal pengganjian pun berbeda, ASN PPPK hanya mendapatkan gaji tok, tanpa tunjangan kinerja seperti PNS.
Jadi seperti pegawai swasta yang bekerja di lembaga negara saja, walaupun jika menilik beban kerjanya ya sama saja antara PNS dan PPPK ini.
Bahkan mungkin dalam beberapa hal terkadang beban kerja mereka lebih berat, karena biasanya ASN PPPK ini lingkup pekerjaannya teknis bukan administratif.