Selanjutnya dia masuk S1 di Fakultas Adab  jurusan Bahasa dan Sastra Arab, IAIN Alaudin Makasar. Kemudian Musdah kembali ke Jakarta untuk melanjutkan S2 dan dia masuk ke IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta atau sekarang UIN Syarif Hiadyatullah dengan mengambil jurusan Sejarah Pemikiran Islam dan S3 dia mengambil jurusan Pemikiran Politik Islam di Universitas yang sama.
Setelah menyelesaikan studinya kini Musdah Mulia menjadi dosen di Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta. Selain itu Musdah aktif di ICRP (Indonesia Confrence Religion and Peace) dan dia sebagai Sekjen organisasi tersebut sejak 1998 yang pada waktu itu Presiden ICRP adalah Prof.Dr. Nurcholis Madjid (Cak Nur).Â
Musdah juga menjadi ketua forum pemuka agama yang menangani soal kekerasan terhadap perempuan maka tidak heran bahwa musdah dikenal sebagai seorang pejuang feminism yang menghendaki adanya kesederajaatan antara laki-laki dan perempuan. Musdah juga duduk sebagai direktur dalam lembaga kajian Agama dan Gender.
Musdah secara aktif menyuarakan nilai-nilai kemanusaan berupa keadilan, moralitas, pluralism, dan kesetaraan gender melalui karya tulisnya yang sangat tajam dan kritis. Dia juga tak jarang menelanjangi kebijakan yang dianggapnya tidak adil maka tidak mengehrankan bila Musdah Mulia sering membuat Kontroversial, hal ini karena Musdah berani melawan arus.Â
Tidak jarang tuduhan kafir dan sesat sering disematkan pada diri Musdah Mulia oleh kelompok-kelompok yang tidak suka dengannya. Meski begitu dia tetap gigih memperjuangkan keadilan terutama pada perempuan yang secara ruang domestic selalu mendapatkan perlakuan yang tidak adil dari kaum patriarki. Disela-sela kesibukanya sebagai dosen dia sering mengisi seminar baik lokal, nasional maupun Internasional.
