Faktor penyebab konsentrasi Escherichia coli tidak memenuhi baku mutu air karena kotoran hewan liar, pemupukan dengan pupuk organik yang terkontaminasi kotoran, pembangunan septic tank di pemukiman yang tidak kedap air, dan kotoran ternak yang digembalakan. Pemakaian pupuk yang berlimpah di daerah resapan air hujan kawasan karst yang digunakan untuk pertanian dan peternakan kemungkinan berpotensi tinggi dalam pencemaran air tanah, kecuali jika di daerah ini praktik pengelolaan yang baik diterapkan dan selalu dipantau. Irigasi sprinkler dianjurkan karena tidak hanya dapat meredam migrasi unsur hara dari tanah ke air tanah, tetapi juga mencegah terjadinya sinkholes sufosional di kawasan karst, dampak lingkungan ini sering dikaitkan dengan air yang terkonsentrasi di dalam tanah dan dapat mengganggu tanah dengan konsekuensi yang negatif bagi kegiatan ekonomi, yaitu pertanian.
Aliran permukaan di daerah perkotaan lima kali lebih tinggi daripada okupasi di lahan lainnya. Karena penggunaan sistem air hujan untuk menginfiltrasi kelebihan air secara artifisial tidak direkomendasikan karena akan berdampak pada lingkungan, yaitu tingginya risiko kontaminasi air tanah dengan logam dan hidrokarbon serta mikrobiologi yang diangkut dalam air hujan, sehingga disarankan untuk menyimpan air permukaan yang berkualitas di kawasan hutan dengan menggunakan bendungan kecil atau embung. Air permukaan ini dapat dialihkan dan digunakan di wilayah perkotaan sebagai pelengkap pasokan air tanah, dalam rangka pengelolaan sumber daya air yang berkelanjutan.
Faktor yang mempengaruhi ketahanan sumber daya air terhadap tingkat kelayakan air minum berdasarkan konsentrasi E. coli adalah penggunaan pupuk per unit di lahan budidaya, Â irigasi lahan pertanian, laju urbanisasi untuk subsistem kerentanan sumber daya air, tingkat pengembangan dan pemanfaatan air tanah, tingkat pengembangan dan pemanfaatan air permukaan.
Faktor tata guna lahan dan hidrologi pada mata air karst relevan dengan konsentrasi Escherichia coli, dimana konsentrasi Escherichia coli pada lahan berhutan lebih rendah dibandingkan penggunaan lahan lainnya. Kepadatan penduduk yang rendah atau tidak adanya manusia dan ternak di daerah tersebut, dan kelangkaan satwa liar lebih umum di wilayah tersebut, diperkirakan akan menghasilkan risiko kontaminasi E. coli yang rendah, tetapi terbatasnya jumlah mata air karst di lahan berhutan menyebabkan sulitnya melakukan perlindungan mata air karst dari aktifitas manusia seperti pertanian, peternakan, dan pemukiman.
Upaya perlindungan mata air karst yang harus dilakukan dalam mengurangi konsentrasi E. coli yaitu melalui perbaikan septic tank, pengolahan limbah di daerah dengan kepadatan penduduk yang tinggi, pengaturan daerah pengembalaan atau peternakan, dan diperlukan penelitian lebih lanjut untuk merumuskan strategi dan kebijakan pengelolaan mata air di kawasan karst.
