 Tanaman bawang rentan terhadap serangan hama dan penyakit seperti thrips, trips, dan penyakit layu bawang. Serangan hama dan penyakit ini dapat mengurangi hasil panen dan kualitas bawang, sehingga petani perlu melakukan pengendalian hama dan penyakit secara tepat dan efektif.  Ketersediaan air yang cukup untuk irigasi merupakan faktor kunci dalam pertanian bawang. Petani yang mengandalkan irigasi harus menghadapi tantangan terkait akses air yang cukup, terutama selama musim kemarau. Sistem irigasi yang baik dan efisien sangat penting untuk memastikan tanaman bawang mendapatkan pasokan air yang cukup.
 Fluktuasi harga pasar bawang dapat menjadi tantangan bagi petani dalam menentukan waktu panen dan pemasaran hasil. Harga bawang yang turun tajam dapat mengurangi pendapatan petani, sementara harga yang tinggi mungkin tidak selalu terjadi sepanjang waktu.  Keterbatasan akses dan pemahaman terhadap teknologi pertanian modern juga menjadi tantangan bagi petani bawang. Penerapan teknologi yang tepat dapat meningkatkan efisiensi produksi dan kualitas bawang, namun tidak semua petani memiliki akses atau pengetahuan yang memadai terkait hal ini
Persaingan dengan bawang impor juga menjadi tantangan bagi petani lokal. Bawang impor dengan harga yang lebih murah dapat mengancam keberlangsungan usaha petani lokal, terutama jika tidak didukung dengan kebijakan yang mendukung pertanian dalam negeri. Dengan menghadapi berbagai tantangan tersebut, petani bawang di Indonesia perlu terus berupaya untuk meningkatkan ketahanan pertanian, menerapkan praktik pertanian yang berkelanjutan, dan mendapatkan dukungan yang memadai dari pemerintah dan pemangku kepentingan lainnya untuk menjaga keberlanjutan produksi bawang di Indonesia.
