Ruang lingkup, fungsi, dan tujuan Pendidikan Islam dan Pendidikan Nasional adalah sama dalam hal transmisi pengetahuan dan nilai-nilai yang sesuai dengan ajaran Islam.
Tujuan pendidikan Islam, sebagai sarana untuk mewujudkan visinya, adalah mewujudkan prinsip-prinsip Islam dalam pembangunan manusia Indonesia, sedangkan visi pendidikan nasional adalah mewujudkan manusia Indonesia yang bertakwa dan produktif menuju masyarakat Indonesia yang beragam. Kedua hal ini menunjukkan bahwa pendidikan Islam termasuk dalam visi atau tujuan pendidikan nasional, khususnya dalam hal mewujudkan insan yang religius.
Selain itu, pendidikan Islam sebagai subsistem pendidikan nasional juga menghadapi sejumlah kesulitan, seperti:
-Sistem pendidikan nasional harus berhadapan dengan isu betapa pentingnya standarisasi standar pendidikan di era global.
-Perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi, demokratisasi, dan kemerosotan model persekolahan.
Lembaga pendidikan Islam, khususnya madrasah, harus mengatasi hambatan-hambatan ini sebagai subsistem dari sistem pendidikan nasional agar tidak tersingkir dari sistem pendidikan nasional. Beberapa strategi yang dapat mereka gunakan untuk melakukan hal ini termasuk menciptakan arah dan visi.
 Selain itu, pendidikan Islam dapat mempertimbangkan solusi-solusi seperti:
- Memperbaiki kurikulum dan menyesuaikan strategi pengajaran dengan lingkungan saat ini.
- Berfokus pada pengembangan sumber daya manusia yang berkaliber tinggi, termasuk pendidik dan anggota staf lainnya
- Memperkuat kemajuan ilmu pengetahuan dan teknologi yang sejalan dengan tren saat ini.
Pendidikan Islam, sebagai subsistem nasional, dapat memberikan kontribusi yang signifikan terhadap kemajuan pendidikan nasional sekaligus memupuk keharmonisan sosial dan prinsip-prinsip agama.
