Disisi lain sistim Contract Farming Justru  dikhawatirkan menimbulkan beberapa dampak negatif dari implementasi kebijakan kontrak farming tersebut, anatara lain  terdapat resiko bagi petani yang terlibat dalam Contract Farming jika terjadi penurunan harga  atau gagal panen.Â
Mereka kemungkinan akan berhutang ke perusahaaan tersebut dan terjebak dalam jeratan utang yang berkepanjangan.
Dampak negatif lainnya terkadang harga yang diberikan oleh perusahaan lebih rendah dari harga pasar yang sebenarnya sehingga petani merasa dipermainkan  dan tidak mendapatkan keuntungan yang seharusnya.Â
Lebih jauh juga ada kemungkinan ketimpangan kekuasaan antara perusahaan dan petani, yang mana perusahaan lebih dominan dan berwenang dalam mengambil keputusan dan yang paling mengkhawatirkan adalah meningkatnya risiko hilangnya lahan pertanian  kerena perusahaan seringkali mengambil alih lahan petani untuk digunakan dalam skema contract Farming.
Untuk mengantisipasi dampak negatif dari skema Contract Farming , pemerintah dan perusahaan harus memastikan bahwa kerja sama ini tidak akan merugikan petani.Â
Hal tersebut dapat dilakukan dengan menjaga keseimbangan antara hak dan kewajiban antara petani dan perusahaan.Â
Pemerintah juga harus memastikan bahwa petani yang berpartisipasi dalam program contract farming tidak kehilangan hak atas lahan mereka atau bergantung terlalu banyak pada perusahaan yang terlibat, sehingga dapat membahayakan keberlangsungan hidup petani di masa depan.
Oleh karena itu, pemerintah perlu memastikan bahwa perusahaan yang terlibat dalam skema contract farming melindungi kepentingan petani dan menjaga keseimbangan antara hak dan kewajiban antar kedua pihak.Â
Pemerintah juga harus memperkuat regulasi untuk melindungi lahan pertanian dan hak-hak petani diekseskusi secara bertanggung jawab dan memberikan keuntungan yang adil bagi semua pihak yang terlibat.
Maka dari itu, kebijakan contract farming harus dipertimbangkan dengan matang oleh semua pihak yang terlibat, terutama pemerintah dan perusahaan.Â
Jika dikelola dengan baik, contract farming benar-benar dapat menjadi solusi jangka panjang untuk meningkatkan swasembada pangan serta kemandirian petani di Indonesia.