Di Indonesia, pondok pesantren menjadi lembaga pendidikan yang sudah sangat dikenal oleh berbagai kalangan masyarakat. Hal ini dikarenakan pondok pesantren telah ada sebelum Indonesia merdeka dari penjajahan kolonial. Tepatnya sejak masa Walisongo dan kerajaan-kerajaan Islam di Nusantara. Pondok pesantren juga turut berperan dalam meraih kemerdekaan Indonesia melalui berbagai gerakan-gerakan santri dalam melawan penjajahan kolonial. Sampai sekarang sudah banyak pondok pesantren yang berdiri dan berkembang di Indonesia, karena pendidikan yang dibawa dalam mendidik para pelajarnya ialah pendidikan yang mengandung nilai-nilai spiritual, moralitas, dan kemandirian.
Sampai sekarang telah banyak pondok pesantren yang ada di Indonesia, berbagai model pondok pesantren yang sudah dikenal sebagai pondok pesantren tradisional maupun modern. Kedua model pondok pesantren tersebut pastinya memiliki banyak keragaman dan ciri khasnya masing-masing. Dari mulai ajarannya, tempat maupun lingkungannya, sampai dengan para santrinya.
Pertama, ada Pondok Pesantren Salaf yang diartikan dalam bahasa Indonesia memiliki makna literal yaitu tradisional, kuno, dan klasik. Sedangkan, jika dipahami makna terminologi yaitu pondok pesantren yang mengajarkan berbagai ilmu-ilmu agama Islam saja kepada para pelajar maupun santrinya. Umumnya, ilmu yang diajarkan kepada para santri berupa ilmu-ilmu keagamaan seperti Al-Qur'an dan Hadist, Fikih Ibadah, Akidah wa Akhlak, sejarah Islam, ilmu falak, ilmu hisab, dan lain sebagainya (Kholis, 2017).
Pondok Pesantren Salaf juga mengajarkan para santrinya mengkaji berbagai buku berbahasa Arab berupa kitab gundul, kitab klasik, dan kitab kuning. Pondok Pesantren Salaf juga memiliki budaya yang khas dari mulai beraktivitas menggunakan sarung bagi para kyai, ustadz, dan santrinya, hukuman yang diberlakukan bersifat mendidik dan tidak ada kontak fisik, sistem penerimaan para calon santri yang tidak ada seleksi, sampai pada biaya yang jauh lebih murah karena sarana prasarana dan insfrastuktur yang didapat cenderung sederhana.
Tak hanya menekankan pada ajaran-ajaran keagamaan Islam, Pondok Pesantren Salaf juga menekankan tradisi serta adat istiadat yang ada dan juga mempertahankan serta melestarikannya sebagai bagian dari budaya keagamaan Islam dan budaya Nusantara. Metode pembelajaran pun berpusat kepada kyai yang memberikan pengajaran kepada para santrinya.
Selanjutnya, ada Pondok Pesantren Modern Darussalam yang telah memulai proses pembelajaran sejak tahun 1926. Gontor juga membuat KMI (Kulliyatul Mualimin Al-Islamiyah) yang dipilih para pendirinya yang disebut "Tritura" sebagai jenjang sekaligus menjadi pelopor pendidikan modern dengan sistem yang klasikal (Hardoyo, 2008).
Pondok Pesantren Modern Darussalam yang berada di desa Gontor menjadi pelopor pondok pesantren berbasis pendidikan yang modern dengan tetap menekankan nilai-nilai ajaran keagamaan Islam. Kurikulum yang dibuat pun tentunya berbeda dengan Pondok Pesantren Salaf, Gontor membuat kurikulum yang tidak terbatas hanya dalam kegiatan para santrinya yang ada didalam kelas. Namun, segala kegiatan santrinya selama 24 jam lamanya.
Tidak hanya itu, Gontor juga mengajarkan nilai-nilai toleransi yang tinggi serta melatih para santrinya untuk dapat mandiri dan peka terhadap lingkungan serta kondisi sesama. Itu semua yang membuat Gontor menjadi pondok pesantren yang sangat dikenal oleh masyarakat di Indonesia, serta pondok pesantren yang paling memiliki santri terbanyak.
Lalu, ada Pondok Pesantren Ma'had Al-Zaytun yang baru-baru ini menjadi kontroversi dalam beberapa waktu ini, karena terdapat beberapa hal yang dianggap menyimpang dari ajaran agama Islam. Namun, terlepas dari itu semua Pondok Pesantren Ma'had Al-Zaytun memiliki berbagai hal yang dapat menjadi keunggulannya sebagai pesantren terbesar di Indonesia.
Pondok Pesantren Ma'had Al-Zaytun menanamkan nilai-nilai pancasila yang langsung diimplementasikan ke setiap jenjang pendidikan dari mulai Madrasah Ibtidaiyah (MI), Madrasah Tsanawiyah (MTs), Madrasah Aliyah (MA), sampai dengan perguruan tinggi yang menjadikan para civitas Ma'had Al-Zaytun memiliki pemahaman yang melekat mengenai pancasila serta menumbukan kesadaran nilai-nilai kemanusiaan yang tinggi(Syalsabiluna et al., 2023)
