Saat menjadi menteri, ia mengeluarkan Peraturan Menteri Kesehatan (Permenkes) No. 24/2020 tentang Pelayanan Radiologi Klinik yang terbit pada 21 September 2020. Permenkes ini membuat dokter umum tidak bisa lagi melakukan pelayanan radiologi sebab hanya boleh dilakukan oleh dokter spesialis radiologi (radiolog) saja, Hal inilah yang kian memanaskan hubungan Terawan dan  IDI.
Booster Vaksin Nusantara
Penelitian Terawan yang telah digagas sejak akhir 2020 saat pandemi, yakni vaksin nusantara cukup membanggakan Indonesia, karena merupakan vaksin pertama kali di dunia yang dikembangkan dengan metode sel dendritik (dendritic cell) autolog atau komponen sel darah putih. Namun banyak ditentang koleganya karena  dianggap belum teruji sacara klinis, bahkan BPOM menyebutnya tak sesuai kaidah medis.
Publik menyayangkan jika vaksin nusantara belum lagi berkembang namun harus disuntik mati. Memang vaksin nusantara dianggap belum selesai melewati uji klinis dan belum terbukti efektif, namun jika mengalami penjegalan sebelum mencapai buktinya, kapan  penelitian ilmuwan dalam negeri akan berkembang, sementara ujicoba vaksin-vaksin luar negeri, seperti dari China bebas melakukannya di negara kita? Jadi mengapa peneliti negara kita sendiri harus dipandang remeh, sinis, dipersulit, dan tak dipercayai? Mungkinkah karena ahli medis luar negeri dianggap lebih pintar dan berpengalaman?Â
Akibat kontroversi tersebut, semua  lembaga yang pada awalnya mendukung penelitian gentar dan  mundur satu persatu. Misalnya Fakultas Kedokteran, Kesehatan Masyarakat, dan Keperawatan (FK-KMK) Universitas Gadjah Mada (UGM) yang memutuskan mengundurkan diri dari tim penelitian vaksin Nusantara, karena mengaku tidak dilibatkan dalam proses uji klinis, termasuk dalam penyusunan protokol pengembangan vaksin.
Mungkin satu keberuntungan bagi Terawan adalah karena ia berdinas di rumah sakit militer, yang tentunya terkenal solid, siap membela dan melindungi. Tak terbayangkan jika ia bertugas di rumah sakit sipil, mungkin dia akan diberhentikan, dipaksa meninggalkan karirnya, sama persis seperti saat lembaga-lembaga penelitian vaksin nusantara yang meninggalkannya satu persatu.
Disamping rumah sakit militer yang membelanya, ternyata para wakil rakyat di DPR, MPR, juga para petinggi negara tampaknya menunjukkan sikap yang sama. Demikian juga mereka yang terbukti sembuh dengan metode terapi otak, seperti SBY dan teman-temannya tentu saja membelanya saat mengetahui kenyataan Terawan dipecat dan dipojokkan.Â
Meskipun dianggap oleh para ahli kesehatan belum teruji secara klinis, and toh pada Desember 2021 Menko Perekonomian Airlangga Hartarto atas arahan Presiden Joko Widodo, menyebut Vaksin Nusantara  akan menjadi salah satu jenis vaksin untuk booster vaksinasi Covid-19. Alasan pemerintah menjadikan vaksin nusantara sebagai booser karena polemik telah diakhiri pemerintah dengan penandatanganan nota kesepahaman penelitian berbasis pelayanan menggunakan sel dendritik pada 19 April 2021.
Mungkin hal inilah yang kian membuat IDI cenat-cenut, sebab data uji klinisnya masih dipertanyakan, tapi pemerintah merestui, sementara masyarakat tetap banyak menggandrungi. Bahkan Dewan Perwakilan Rakyat (DPR) mendukung pengembangan vaksin Nusantara dan mendesak agar pengembangan vaksin  terus dilanjutkan.
Tampaknya posisi Terawan di atas angin karena ia sedikit bicara, tidak banyak koar-koar, memberi bukti bukan janji. Hal itulah yang disukai masyarakat kebanyakan, mereka ingin kesembuhan tanpa biaya mencekik, sebab bagi mereka, terkadang biaya mahal, bukannya sembuh tapi malah bangkrut, atau justru malah kematian datang menjemput.
Mungkin benar bila hasil penelitian dan metode Terawan belum melewati uji klinis  maksimal seperti yang diklaim oleh dunia kedokteran, namun adanya bukti nyata kesembuhan yang sangat diperlukan masyarakat tampaknya mengalahkan semua itu.
