Gerakan separatisme yang terjadi di Indonesia merupakan faktor fundamental yang ide dasarnya adalah faktor pendidikan. Pertama, orang-orang yang ingin memisahkan diri tidak lepas dari kurangnya pendidikan mereka untuk melihat sesuatu dengan bijak, sehingga orang dapat dengan mudah dimanipulasi oleh pihak-pihak yang berkepentingan untuk melepaskan diri dari Indonesia. Kedua, pendidikan masyarakat masih minim sehingga mereka tidak memiliki keahlian untuk menggali sumber dayanya, sehingga mereka iri dengan pendatang baru yang dapat memanfaatkan sumber daya alam daerah tersebut.
Pengibaran bendera Benang Raja dan dimulainya Pemberontakan RMS memiliki beberapa konsekuensi. Dampak utamanya adalah banyaknya korban di kedua sisi selama perlawanan. Selain itu, terjadi migrasi sekitar 15.000 orang Maluku ke Belanda karena diharapkan dapat mendukung pendirian RMS. Hal ini juga menyebabkan ketidakstabilan kondisi keamanan dan politik antar kelompok di wilayah Maluku.
Sebagai bekas negara penjajah, Belanda sejak awal mendukung RMS. Alasannya, Belanda diuntungkan dengan dukungan RMS karena integrasi bangsa Indonesia terancam. Hal itu dibuktikan dengan adanya pemberontakan RMS yang dibantu oleh para petinggi dan anggota KNIL serta izin kantor pemerintahan RMS untuk berada di Den Haag dari pemerintah Belanda.
Pada 1950-an, RMS adalah bagian dari politik memecah belah kolonialis. Belanda sengaja menciptakan banyak negara untuk mendukung keberadaannya di Republik Indonesia Serikat (RIS). Ketika pemerintahan RIS dinyatakan bubar dan menjadi Republik Indonesia, negara-negara bagian tersebut sebagian berubah menjadi gerakan pemberontak, seperti RMS pada masa Orde Lama.
Pasca penumpasan RMS dengan adanya Operasi Militer, Dr. Soumokil berhasil melarikan diri selama penumpasan gerakan RMS dan melanjutkan perang gerilya hingga akhirnya ditangkap pada tahun 1962 dan dieksekusi empat tahun kemudian.
Di Belanda RMS tidak menjadi gerakan politik yang dibiayai dari anggaran pemerintah, melainkan kelompok mandiri. Di Belanda yang demokratis, keberadaan RMS dipandang sebagai hak berserikat.
Awalnya kepindahan ke Belanda hanya bersifat sementara, namun penduduk Maluku berbondong-bondong ke Belanda secara masal karena keinginan nenek moyang mereka yang ingin hidup merdeka di negerinya sendiri. Rakyat Maluku juga berharap Belanda dapat membantu mereka memperoleh kemerdekaan. Hidup mereka juga lebih aman saat berkunjung ke Belanda. Pekerjaan, pelatihan, dan lain-lain dijamin di Belanda.
Momentum gerakan RMS berbalik arah setelah kerusuhan Maluku tahun 1999. Saat itu, gerakan separatis kembali mengemuka, terutama karena trauma konflik kekerasan antar kelompok. Kemudian muncul pemimpin baru, Dr. Alex Manukuti, sekretaris jenderal RMS, yang melarikan diri ke California pada tahun 2005. Namun RMS masih belum berkembang menjadi kekuatan politik besar yang didukung oleh angkatan bersenjata.
RMS kembali menemukan momentum kampanyenya pada 2007 ketika berusaha mengibarkan bendera RMS untuk Presiden SBY pada peringatan 14 tahun Hari Keluarga Nasional (harganas) di Lapangan Merdeka Ambon, Jumat 29 Juni 2007.
Saat itu, Presiden dikejutkan dengan puluhan penari Cakalele yang masuk ke lapangan. Saat Gubernur Maluku Albert Karel Ralahalu memberikan sambutan pada acara tersebut, para penari Cakalele turun ke lapangan dengan pakaian adat, bertelanjang dada, membawa parang dan tameng.
Mereka mulai menari di tengah hujan lebat. Saat mendekati panggung utama tempat Presiden SBY duduk, mereka membentuk formasi persegi dan salah satu penari di tengah berusaha mengibarkan bendera RMS. Para penari, yang diperkirakan berusia 19 tahun, kemudian ditahan.
