Secara pragmatis dapat disebutkan bahwa ilmu ekonomi lebih berorientasi materialis, sementara fiqh mu'amalat lebih terfokus pada hal-hal yang bersifat normatif. Atau dengan kata lain, ilmu ekonomi mempelajari teknik dan metode, sedangkan fiqh mu'amalat menentukan status hukum boleh tidaknya sebuah transaksi bisnis.
Di samping problem epistemologis dalam filsafat ilmu yang disebutkan di atas, ilmu ekonomi Islam juga mendapat tantangan yang cukup berat dari ilmu ekonomi konvensional. Hal ini terjadi mengingat ilmu ekonomi yang berkembang di dunia Barat dilandasi dengan kebebasan individu dalam melakukan kontrak dengan syarat tidak merugikan satu sama lain. Konsep-konsep ekonomi konvensional versi Barat perlu diredefinisi agar dapat disesuaikan dengan kebutuhan syari'at Islam. Di antara konsep-konseptersebutantara lain:
1. Konsep harta
Masalah yang timbul dalam konsep harta adalah bahwa ilmu ekonomi konvensional tidak mengenal adanya nilai dalam pemilikan harta. Sejauh dapat menimbulkan nilai ekonomis, segala sesuatu dapat diakui sebagai harta. Tidak heran bila barang-barang haram seperti minuman keras dan daging babi termasuk property yang sah untuk dijadikan sebagai salah satu komoditi bisnis .
2. Konsep Uang
Pembahasan dalam fiqh mu'amalat mengasumsikan bahwa uang yang digunakan masyarakat adalah uang riil (real money) yaitu emas dan perak. Padahal sejak jaman penjajahan, uang emas dan perak tidak lagi digunakan sebagai alat tukar. Sebagai gantinya uang kertas menjadi alat tukar yang berlaku di tengah masyarakat. Para ulama berbeda pendapat tentang hukum uang kertas ini. Ada yang menganggap bahwa uang kertas tidak diterima dalam syariah karena bukan harta riil dan ada pula yang dapat menerimanya .
3. Konsep Bunga dan Riba
Dalam ilmu ekonomi, bunga merupakan asumsi yang tidak lagi menjadi bahan perdebatan meskipun sampai saat ini para ekonom masih sulit mencari justifikasi terhadapnya. Dalam ilmu fiqh mu'amalat istilah ini tidak dikenal meskipun pembahasan tentang hukum riba boleh dikatakan telah selesai dan para ulama sepakat mengharamkannya . Dengan konsep uang kertas (abstract money), konsep bunga dan riba menjadi pembahasan yang bekelanjutan.
4. Konsep Time Value of Money
Sebagian besar teori tentang menajemen keuangan dibangun berdasarkan konsep nilai dan waktu dari uang yang mengasumsikan bahwa nilai uang sekarang relatif lebih besar ketimbang di masa yang akan datang. Sedangkan di sisi lain, tidak didapati penjelasannya dalam fiqh mu'amalat meskipun perdebatan tentangn jual beli tangguh (ba'i mu'ajjal) termasuk diskusi yang tidak sedikit di antara para ulama.
5. Konsep Modal
